Copper in the structure of Multicopper Oxidase Cueo Mutant C500SE506Q (DATA1) (pdb 3uaa)

The binding sites of Copper atom in the structure of Multicopper Oxidase Cueo Mutant C500SE506Q (DATA1) (pdb code 3uaa). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 3uaa structure was solved by H.KOMORI, K.KATAOKA, T.SAKURAI, Y.HIGUCHI, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 10.0-1.7 Space group P1211 a (A) 50.435 b (A) 91.098 c (A) 53.233 alpha (°) 90.00 beta (°) 102.87 gamma (°) 90.00 Rfactor (%) 17.4 Rfree (%) n/a Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 3 in 3uaa Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 3uaa. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His101, A: His103, A: Trp139, A: His141, A: His143, A: His446, A: His448, A: His499, A: His501, A: Cu1003, A: Cu1004, A: O1005, A: O1006, A: Hoh2001, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His101 4.34 Cu CD2 A:His101 4.09 Cu NE2 A:His103 3.95 Cu CB A:His103 3.66 Cu ND1 A:His103 2.07 Cu CD2 A:His103 4.12 Cu CE1 A:His103 2.78 Cu CG A:His103 3.18 Cu CA A:His103 4.78 Cu CZ2 A:Trp139 4.57 Cu CE2 A:Trp139 4.93 Cu NE1 A:Trp139 4.95 Cu NE2 A:His141 2.34 Cu ND1 A:His141 4.29 Cu CD2 A:His141 3.51 Cu CE1 A:His141 3.07 Cu CG A:His141 4.53 Cu NE2 A:His143 4.58 Cu CD2 A:His143 5.00 Cu NE2 A:His446 3.78 Cu CD2 A:His446 3.59 Cu CE1 A:His446 4.78 Cu CG A:His446 4.56 Cu NE2 A:His448 4.79 Cu NE2 A:His499 4.43 Cu CE1 A:His499 4.41 Cu NE2 A:His501 2.19 Cu ND1 A:His501 4.34 Cu CD2 A:His501 3.05 Cu CE1 A:His501 3.27 Cu CG A:His501 4.26 Cu CU A:Cu1003 3.22 Cu CU A:Cu1004 3.65 Cu O A:O1005 2.06 Cu O A:O1006 2.07 Cu O A:Hoh2001 4.05 interactive model: Copper binding site 2 out of 3 in 3uaa Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 3uaa. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His101, A: His103, A: His141, A: His143, A: His446, A: His448, A: Met497, A: His499, A: His501, A: Gln506, A: Cu1002, A: Cu1004, A: O1005, A: O1006, A: Hoh2001, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His101 3.99 Cu CD2 A:His101 3.98 Cu CE1 A:His101 4.75 Cu CG A:His101 4.75 Cu ND1 A:His103 4.89 Cu NE2 A:His141 4.47 Cu CE1 A:His141 4.22 Cu NE2 A:His143 2.12 Cu ND1 A:His143 4.24 Cu CD2 A:His143 3.11 Cu CE1 A:His143 3.12 Cu CG A:His143 4.27 Cu NE2 A:His446 3.91 Cu CD2 A:His446 3.47 Cu CG A:His446 4.72 Cu NE2 A:His448 2.03 Cu ND1 A:His448 4.04 Cu CD2 A:His448 3.10 Cu CE1 A:His448 2.89 Cu CG A:His448 4.17 Cu CB A:Met497 4.95 Cu NE2 A:His499 2.21 Cu ND1 A:His499 4.23 Cu CD2 A:His499 3.29 Cu CE1 A:His499 3.07 Cu CG A:His499 4.38 Cu NE2 A:His501 4.54 Cu CD2 A:His501 4.72 Cu OE1 A:Gln506 4.95 Cu CU A:Cu1002 3.22 Cu CU A:Cu1004 3.61 Cu O A:O1005 1.82 Cu O A:O1006 2.27 Cu O A:Hoh2001 3.88 interactive model: Copper binding site 3 out of 3 in 3uaa Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 3uaa. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His101, A: Trp102, A: His103, A: Gly104, A: His141, A: His446, A: His448, A: Cu1002, A: Cu1003, A: O1005, A: O1006, A: Act1007, A: Hoh2002, A: Hoh2004, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His101 2.03 Cu ND1 A:His101 4.10 Cu CD2 A:His101 3.07 Cu CE1 A:His101 2.97 Cu CG A:His101 4.17 Cu C A:Trp102 4.85 Cu O A:Trp102 4.63 Cu NE2 A:His103 4.38 Cu N A:His103 4.42 Cu CB A:His103 3.68 Cu ND1 A:His103 3.65 Cu CD2 A:His103 3.99 Cu C A:His103 4.42 Cu CE1 A:His103 4.18 Cu CG A:His103 3.50 Cu CA A:His103 3.50 Cu N A:Gly104 4.19 Cu NE2 A:His141 5.00 Cu NE2 A:His446 1.97 Cu ND1 A:His446 4.06 Cu CD2 A:His446 3.01 Cu CE1 A:His446 2.94 Cu CG A:His446 4.13 Cu NE2 A:His448 3.34 Cu CB A:His448 4.63 Cu ND1 A:His448 4.10 Cu CD2 A:His448 3.28 Cu CE1 A:His448 3.86 Cu CG A:His448 3.79 Cu CA A:His448 4.54 Cu CU A:Cu1002 3.65 Cu CU A:Cu1003 3.61 Cu O A:O1005 4.33 Cu O A:O1006 1.83 Cu O A:Act1007 3.18 Cu CH3 A:Act1007 4.25 Cu C A:Act1007 2.89 Cu OXT A:Act1007 2.02 Cu O A:Hoh2002 2.12 Cu O A:Hoh2004 4.51 interactive model: