Copper in the structure of Crystal Structure of Lacb From Trametes Sp. AH28-2 (pdb 3kw7)

The binding sites of Copper atom in the structure of Crystal Structure of Lacb From Trametes Sp. AH28-2 (pdb code 3kw7). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 3kw7 structure was solved by H.H.GE, M.K.TENG, L.W.NIU, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 30.0-3.4 Space group P41 a (A) 98.778 b (A) 98.778 c (A) 149.960 alpha (°) 90.00 beta (°) 90.00 gamma (°) 90.00 Rfactor (%) 22.3 Rfree (%) 29.2 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 8 in 3kw7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 3kw7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His400, A: Pro401, A: Cys456, A: Ile458, A: His461, A: Phe466, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His400 4.23 Cu CB A:His400 3.43 Cu ND1 A:His400 2.14 Cu CD2 A:His400 4.26 Cu C A:His400 4.98 Cu CE1 A:His400 3.11 Cu CG A:His400 3.13 Cu CA A:His400 4.09 Cu CD A:Pro401 4.73 Cu CB A:Cys456 3.17 Cu SG A:Cys456 2.13 Cu C A:Cys456 4.99 Cu CA A:Cys456 4.59 Cu O A:Ile458 4.85 Cu N A:Ile458 4.84 Cu CB A:Ile458 3.87 Cu CD1 A:Ile458 3.35 Cu CG2 A:Ile458 4.67 Cu CG1 A:Ile458 4.06 Cu CA A:Ile458 4.90 Cu NE2 A:His461 4.14 Cu CB A:His461 3.35 Cu ND1 A:His461 2.05 Cu CD2 A:His461 4.16 Cu CE1 A:His461 3.03 Cu CG A:His461 3.03 Cu CA A:His461 4.85 Cu CE2 A:Phe466 4.06 Cu CD2 A:Phe466 3.80 interactive model: Copper binding site 2 out of 8 in 3kw7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 3kw7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: Trp65, A: His66, A: Gly67, A: His403, A: His405, A: Cu603, A: Cu604, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His64 1.97 Cu ND1 A:His64 3.97 Cu CD2 A:His64 3.03 Cu CE1 A:His64 2.85 Cu CG A:His64 4.09 Cu O A:Trp65 4.99 Cu NE2 A:His66 4.19 Cu N A:His66 4.71 Cu CB A:His66 4.12 Cu ND1 A:His66 3.38 Cu CD2 A:His66 4.15 Cu C A:His66 4.34 Cu CE1 A:His66 3.76 Cu CG A:His66 3.66 Cu CA A:His66 3.73 Cu N A:Gly67 3.86 Cu CA A:Gly67 4.97 Cu NE2 A:His403 1.86 Cu ND1 A:His403 3.82 Cu CD2 A:His403 2.90 Cu CE1 A:His403 2.72 Cu CG A:His403 3.94 Cu NE2 A:His405 3.64 Cu CB A:His405 4.65 Cu ND1 A:His405 3.49 Cu CD2 A:His405 3.89 Cu CE1 A:His405 3.39 Cu CG A:His405 3.81 Cu CA A:His405 4.50 Cu CU A:Cu603 4.36 Cu CU A:Cu604 4.19 interactive model: Copper binding site 3 out of 8 in 3kw7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 3kw7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: Pro79, A: His109, A: His111, A: His403, A: His405, A: Phe453, A: His455, A: His457, A: Leu462, A: Cu602, A: Cu604, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His64 4.56 Cu CD2 A:His64 4.38 Cu CG A:His64 4.93 Cu CG A:Pro79 4.80 Cu CE1 A:His109 4.66 Cu NE2 A:His111 2.05 Cu ND1 A:His111 4.16 Cu CD2 A:His111 3.01 Cu CE1 A:His111 3.06 Cu CG A:His111 4.16 Cu NE2 A:His403 4.45 Cu CD2 A:His403 3.86 Cu NE2 A:His405 1.88 Cu ND1 A:His405 3.80 Cu CD2 A:His405 3.11 Cu CE1 A:His405 2.58 Cu CG A:His405 4.08 Cu CB A:Phe453 4.84 Cu CD2 A:Phe453 4.56 Cu NE2 A:His455 1.88 Cu ND1 A:His455 3.95 Cu CD2 A:His455 2.96 Cu CE1 A:His455 2.80 Cu CG A:His455 4.05 Cu NE2 A:His457 4.63 Cu CD2 A:His457 4.78 Cu CD1 A:Leu462 4.89 Cu CU A:Cu602 4.36 Cu CU A:Cu604 4.95 interactive model: Copper binding site 4 out of 8 in 3kw7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 3kw7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: His66, A: Trp107, A: His109, A: Ser241, A: His403, A: His457, A: Cu602, A: Cu603, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His64 4.44 Cu CD2 A:His64 3.99 Cu NE2 A:His66 3.89 Cu CB A:His66 3.51 Cu ND1 A:His66 1.90 Cu CD2 A:His66 4.03 Cu CE1 A:His66 2.74 Cu CG A:His66 3.00 Cu CA A:His66 4.56 Cu CD1 A:Trp107 4.97 Cu CD2 A:Trp107 4.81 Cu CZ2 A:Trp107 3.47 Cu CE2 A:Trp107 3.82 Cu NE1 A:Trp107 3.98 Cu CH2 A:Trp107 4.23 Cu NE2 A:His109 2.10 Cu ND1 A:His109 4.06 Cu CD2 A:His109 2.92 Cu CE1 A:His109 3.06 Cu CG A:His109 4.02 Cu CB A:Ser241 4.08 Cu OG A:Ser241 4.74 Cu NE2 A:His403 4.71 Cu CD2 A:His403 4.61 Cu NE2 A:His457 1.97 Cu ND1 A:His457 3.97 Cu CD2 A:His457 3.04 Cu CE1 A:His457 2.84 Cu CG A:His457 4.10 Cu CU A:Cu602 4.19 Cu CU A:Cu603 4.95 interactive model: Copper binding site 5 out of 8 in 3kw7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 5 of Copper in the PDB 3kw7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His400, B: Pro401, B: Cys456, B: Ile458, B: His461, B: Phe466, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His400 4.15 Cu CB B:His400 3.35 Cu ND1 B:His400 2.06 Cu CD2 B:His400 4.18 Cu C B:His400 4.87 Cu CE1 B:His400 3.04 Cu CG B:His400 3.04 Cu CA B:His400 4.02 Cu CD B:Pro401 4.62 Cu CB B:Cys456 3.19 Cu SG B:Cys456 2.08 Cu CA B:Cys456 4.59 Cu N B:Ile458 4.89 Cu CB B:Ile458 3.97 Cu CD1 B:Ile458 3.39 Cu CG2 B:Ile458 4.77 Cu CG1 B:Ile458 4.15 Cu CA B:Ile458 4.99 Cu NE2 B:His461 4.16 Cu CB B:His461 3.42 Cu ND1 B:His461 2.12 Cu CD2 B:His461 4.20 Cu CE1 B:His461 3.06 Cu CG B:His461 3.09 Cu CA B:His461 4.92 Cu CE2 B:Phe466 4.00 Cu CD2 B:Phe466 3.77 interactive model: Copper binding site 6 out of 8 in 3kw7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 6 of Copper in the PDB 3kw7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His64, B: Trp65, B: His66, B: Gly67, B: His403, B: His405, B: Cu603, B: Cu604, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His64 1.86 Cu ND1 B:His64 3.85 Cu CD2 B:His64 2.94 Cu CE1 B:His64 2.71 Cu CG B:His64 3.99 Cu O B:Trp65 4.93 Cu NE2 B:His66 4.57 Cu N B:His66 4.91 Cu CB B:His66 4.38 Cu ND1 B:His66 3.80 Cu CD2 B:His66 4.49 Cu C B:His66 4.52 Cu CE1 B:His66 4.18 Cu CG B:His66 4.00 Cu CA B:His66 3.94 Cu N B:Gly67 3.97 Cu NE2 B:His403 1.86 Cu ND1 B:His403 3.89 Cu CD2 B:His403 2.99 Cu CE1 B:His403 2.73 Cu CG B:His403 4.05 Cu NE2 B:His405 3.34 Cu N B:His405 4.79 Cu CB B:His405 4.29 Cu ND1 B:His405 3.16 Cu CD2 B:His405 3.54 Cu CE1 B:His405 3.11 Cu CG B:His405 3.45 Cu CA B:His405 4.18 Cu CU B:Cu603 4.40 Cu CU B:Cu604 4.54 interactive model: Copper binding site 7 out of 8 in 3kw7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 7 of Copper in the PDB 3kw7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His64, B: Pro79, B: His109, B: His111, B: His403, B: His405, B: Phe453, B: His455, B: His457, B: Leu462, B: Cu602, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His64 4.62 Cu CD2 B:His64 4.39 Cu CG B:Pro79 4.82 Cu CE1 B:His109 4.75 Cu NE2 B:His111 2.07 Cu ND1 B:His111 4.14 Cu CD2 B:His111 3.12 Cu CE1 B:His111 2.99 Cu CG B:His111 4.23 Cu NE2 B:His403 4.43 Cu CD2 B:His403 3.88 Cu NE2 B:His405 1.77 Cu ND1 B:His405 3.69 Cu CD2 B:His405 3.00 Cu CE1 B:His405 2.47 Cu CG B:His405 3.95 Cu CB B:Phe453 4.59 Cu CD2 B:Phe453 4.23 Cu CG B:Phe453 4.79 Cu NE2 B:His455 1.76 Cu ND1 B:His455 3.87 Cu CD2 B:His455 2.77 Cu CE1 B:His455 2.78 Cu CG B:His455 3.90 Cu NE2 B:His457 4.71 Cu CD2 B:His457 4.83 Cu CD1 B:Leu462 4.84 Cu CU B:Cu602 4.40 interactive model: Copper binding site 8 out of 8 in 3kw7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 8 of Copper in the PDB 3kw7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His64, B: His66, B: Trp107, B: His109, B: Ser241, B: His403, B: His457, B: Cu602, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His64 4.60 Cu CD2 B:His64 4.09 Cu NE2 B:His66 3.90 Cu CB B:His66 3.55 Cu ND1 B:His66 1.91 Cu CD2 B:His66 4.06 Cu CE1 B:His66 2.73 Cu CG B:His66 3.04 Cu CA B:His66 4.67 Cu CD1 B:Trp107 4.93 Cu CD2 B:Trp107 4.78 Cu CZ2 B:Trp107 3.44 Cu CE2 B:Trp107 3.78 Cu NE1 B:Trp107 3.92 Cu CH2 B:Trp107 4.22 Cu NE2 B:His109 2.16 Cu ND1 B:His109 4.13 Cu CD2 B:His109 2.93 Cu CE1 B:His109 3.16 Cu CG B:His109 4.06 Cu CB B:Ser241 4.00 Cu OG B:Ser241 4.75 Cu NE2 B:His403 4.46 Cu CD2 B:His403 4.35 Cu NE2 B:His457 1.88 Cu ND1 B:His457 3.84 Cu CD2 B:His457 2.94 Cu CE1 B:His457 2.73 Cu CG B:His457 3.97 Cu CU B:Cu602 4.54 interactive model: