Copper in the structure of Melanocarpus Albomyces Laccase Crystal Soaked (4 Sec) With 2,6- Dimethoxyphenol (pdb 3fu7)

The binding sites of Copper atom in the structure of Melanocarpus Albomyces Laccase Crystal Soaked (4 Sec) With 2,6- Dimethoxyphenol (pdb code 3fu7). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 3fu7 structure was solved by J.P.KALLIO, N.HAKULINEN, J.ROUVINEN, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 19.6-1.7 Space group C121 a (A) 174.120 b (A) 62.100 c (A) 124.630 alpha (°) 90.00 beta (°) 96.36 gamma (°) 90.00 Rfactor (%) 18.9 Rfree (%) 22 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 8 in 3fu7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 3fu7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Pro430, A: His431, A: Pro432, A: Cys503, A: Ile505, A: His508, A: Leu513, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O A:Pro430 4.40 Cu NE2 A:His431 4.06 Cu N A:His431 4.94 Cu CB A:His431 3.38 Cu ND1 A:His431 2.00 Cu CD2 A:His431 4.12 Cu C A:His431 4.86 Cu CE1 A:His431 2.95 Cu CG A:His431 3.01 Cu CA A:His431 3.89 Cu N A:Pro432 4.93 Cu CD A:Pro432 4.38 Cu CB A:Cys503 3.24 Cu SG A:Cys503 2.19 Cu CA A:Cys503 4.61 Cu N A:Ile505 4.83 Cu CB A:Ile505 4.07 Cu CD1 A:Ile505 3.70 Cu CG2 A:Ile505 4.94 Cu CG1 A:Ile505 4.30 Cu NE2 A:His508 4.16 Cu CB A:His508 3.28 Cu ND1 A:His508 2.05 Cu CD2 A:His508 4.15 Cu CE1 A:His508 3.07 Cu CG A:His508 3.00 Cu CA A:His508 4.81 Cu CD1 A:Leu513 3.61 Cu CG A:Leu513 4.96 interactive model: Copper binding site 2 out of 8 in 3fu7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 3fu7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His93, A: His138, A: His140, A: His434, A: His436, A: Leu500, A: His502, A: Cu604, A: Oxy1620, A: Hoh722, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His93 4.26 Cu CD2 A:His93 4.16 Cu CE1 A:His93 4.96 Cu CG A:His93 4.85 Cu CE1 A:His138 4.95 Cu NE2 A:His140 2.09 Cu ND1 A:His140 4.13 Cu CD2 A:His140 3.18 Cu CE1 A:His140 2.96 Cu CG A:His140 4.26 Cu NE2 A:His434 4.57 Cu CD2 A:His434 4.02 Cu NE2 A:His436 1.96 Cu ND1 A:His436 3.96 Cu CD2 A:His436 3.11 Cu CE1 A:His436 2.77 Cu CG A:His436 4.15 Cu CB A:Leu500 4.59 Cu CD1 A:Leu500 4.25 Cu NE2 A:His502 1.99 Cu ND1 A:His502 4.05 Cu CD2 A:His502 2.94 Cu CE1 A:His502 2.98 Cu CG A:His502 4.07 Cu CU A:Cu604 4.13 Cu O1 A:Oxy1620 2.75 Cu O2 A:Oxy1620 2.33 Cu O A:Hoh722 4.37 interactive model: Copper binding site 3 out of 8 in 3fu7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 3fu7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His93, A: His95, A: Trp136, A: His138, A: His434, A: His504, A: Cu604, A: Oxy1620, A: Hoh722, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His93 4.47 Cu CD2 A:His93 4.01 Cu NE2 A:His95 3.97 Cu CB A:His95 3.39 Cu ND1 A:His95 1.91 Cu CD2 A:His95 4.06 Cu CE1 A:His95 2.83 Cu CG A:His95 2.97 Cu CA A:His95 4.59 Cu CD2 A:Trp136 4.87 Cu CZ2 A:Trp136 3.52 Cu CE2 A:Trp136 3.94 Cu NE1 A:Trp136 4.21 Cu CH2 A:Trp136 4.13 Cu NE2 A:His138 2.04 Cu ND1 A:His138 4.09 Cu CD2 A:His138 3.00 Cu CE1 A:His138 2.99 Cu CG A:His138 4.13 Cu NE2 A:His434 4.23 Cu CD2 A:His434 4.29 Cu CE1 A:His434 4.97 Cu NE2 A:His504 2.12 Cu ND1 A:His504 4.18 Cu CD2 A:His504 3.14 Cu CE1 A:His504 3.05 Cu CG A:His504 4.25 Cu CU A:Cu604 4.06 Cu O1 A:Oxy1620 2.39 Cu O2 A:Oxy1620 2.74 Cu O A:Hoh722 4.92 interactive model: Copper binding site 4 out of 8 in 3fu7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 3fu7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His93, A: Trp94, A: His95, A: Gly96, A: His434, A: Leu435, A: His436, A: Cu602, A: Cu603, A: Cl610, A: Oxy1620, A: Hoh708, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His93 1.92 Cu ND1 A:His93 4.01 Cu CD2 A:His93 2.94 Cu CE1 A:His93 2.89 Cu CG A:His93 4.06 Cu O A:Trp94 4.92 Cu NE2 A:His95 4.56 Cu N A:His95 4.76 Cu CB A:His95 4.02 Cu ND1 A:His95 3.64 Cu CD2 A:His95 4.33 Cu C A:His95 4.65 Cu CE1 A:His95 4.17 Cu CG A:His95 3.75 Cu CA A:His95 3.81 Cu N A:Gly96 4.42 Cu NE2 A:His434 1.94 Cu ND1 A:His434 4.03 Cu CD2 A:His434 2.92 Cu CE1 A:His434 2.93 Cu CG A:His434 4.06 Cu O A:Leu435 4.78 Cu NE2 A:His436 3.36 Cu N A:His436 4.90 Cu CB A:His436 4.69 Cu ND1 A:His436 4.08 Cu CD2 A:His436 3.34 Cu CE1 A:His436 3.84 Cu CG A:His436 3.81 Cu CA A:His436 4.57 Cu CU A:Cu602 4.13 Cu CU A:Cu603 4.06 Cu CL A:Cl610 2.76 Cu O1 A:Oxy1620 3.83 Cu O2 A:Oxy1620 2.91 Cu O A:Hoh708 4.94 interactive model: Copper binding site 5 out of 8 in 3fu7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 5 of Copper in the PDB 3fu7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: Pro430, B: His431, B: Pro432, B: Cys503, B: Ile505, B: His508, B: Leu513, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O B:Pro430 4.45 Cu NE2 B:His431 4.11 Cu N B:His431 4.95 Cu CB B:His431 3.42 Cu ND1 B:His431 2.03 Cu CD2 B:His431 4.16 Cu C B:His431 4.87 Cu CE1 B:His431 2.97 Cu CG B:His431 3.05 Cu CA B:His431 3.90 Cu N B:Pro432 4.92 Cu CD B:Pro432 4.32 Cu CB B:Cys503 3.16 Cu SG B:Cys503 2.13 Cu CA B:Cys503 4.55 Cu N B:Ile505 4.81 Cu CB B:Ile505 4.05 Cu CD1 B:Ile505 3.61 Cu CG2 B:Ile505 4.92 Cu CG1 B:Ile505 4.24 Cu NE2 B:His508 4.20 Cu CB B:His508 3.23 Cu ND1 B:His508 2.08 Cu CD2 B:His508 4.16 Cu CE1 B:His508 3.13 Cu CG B:His508 2.99 Cu CA B:His508 4.76 Cu CD1 B:Leu513 3.75 interactive model: Copper binding site 6 out of 8 in 3fu7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 6 of Copper in the PDB 3fu7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His93, B: His138, B: His140, B: His434, B: His436, B: Leu500, B: His502, B: Cu603, B: Cu604, B: Oxy1620, B: Hoh571, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His93 4.25 Cu CD2 B:His93 4.15 Cu CE1 B:His93 4.96 Cu CG B:His93 4.84 Cu CE1 B:His138 4.90 Cu NE2 B:His140 2.11 Cu ND1 B:His140 4.17 Cu CD2 B:His140 3.17 Cu CE1 B:His140 3.02 Cu CG B:His140 4.27 Cu NE2 B:His434 4.59 Cu CD2 B:His434 4.07 Cu NE2 B:His436 1.99 Cu ND1 B:His436 4.01 Cu CD2 B:His436 3.12 Cu CE1 B:His436 2.82 Cu CG B:His436 4.17 Cu CB B:Leu500 4.67 Cu CD1 B:Leu500 4.29 Cu NE2 B:His502 2.04 Cu ND1 B:His502 4.12 Cu CD2 B:His502 2.95 Cu CE1 B:His502 3.05 Cu CG B:His502 4.10 Cu CU B:Cu603 4.96 Cu CU B:Cu604 4.09 Cu O1 B:Oxy1620 2.47 Cu O2 B:Oxy1620 2.33 Cu O B:Hoh571 4.48 interactive model: Copper binding site 7 out of 8 in 3fu7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 7 of Copper in the PDB 3fu7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His93, B: His95, B: Trp136, B: His138, B: His434, B: His504, B: Cu602, B: Cu604, B: Oxy1620, B: Hoh571, B: Hoh702, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His93 4.53 Cu CD2 B:His93 4.02 Cu NE2 B:His95 4.12 Cu CB B:His95 3.40 Cu ND1 B:His95 2.03 Cu CD2 B:His95 4.17 Cu CE1 B:His95 2.99 Cu CG B:His95 3.05 Cu CA B:His95 4.61 Cu CD2 B:Trp136 4.88 Cu CZ2 B:Trp136 3.49 Cu CE2 B:Trp136 3.93 Cu NE1 B:Trp136 4.19 Cu CH2 B:Trp136 4.14 Cu NE2 B:His138 2.03 Cu ND1 B:His138 4.11 Cu CD2 B:His138 2.96 Cu CE1 B:His138 3.03 Cu CG B:His138 4.11 Cu NE2 B:His434 4.31 Cu CD2 B:His434 4.29 Cu NE2 B:His504 2.09 Cu ND1 B:His504 4.15 Cu CD2 B:His504 3.12 Cu CE1 B:His504 3.01 Cu CG B:His504 4.22 Cu CU B:Cu602 4.96 Cu CU B:Cu604 4.04 Cu O1 B:Oxy1620 2.66 Cu O2 B:Oxy1620 2.70 Cu O B:Hoh571 4.82 Cu O B:Hoh702 4.95 interactive model: Copper binding site 8 out of 8 in 3fu7 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 8 of Copper in the PDB 3fu7. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His93, B: Trp94, B: His95, B: Gly96, B: His434, B: Leu435, B: His436, B: Cu602, B: Cu603, B: Cl610, B: Oxy1620, B: Hoh674, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His93 1.92 Cu ND1 B:His93 4.02 Cu CD2 B:His93 2.89 Cu CE1 B:His93 2.93 Cu CG B:His93 4.03 Cu O B:Trp94 4.93 Cu NE2 B:His95 4.54 Cu N B:His95 4.76 Cu CB B:His95 3.98 Cu ND1 B:His95 3.69 Cu CD2 B:His95 4.30 Cu C B:His95 4.62 Cu CE1 B:His95 4.21 Cu CG B:His95 3.74 Cu CA B:His95 3.79 Cu N B:Gly96 4.40 Cu NE2 B:His434 1.94 Cu ND1 B:His434 4.05 Cu CD2 B:His434 2.90 Cu CE1 B:His434 2.96 Cu CG B:His434 4.05 Cu O B:Leu435 4.85 Cu NE2 B:His436 3.33 Cu N B:His436 4.93 Cu CB B:His436 4.73 Cu ND1 B:His436 4.10 Cu CD2 B:His436 3.34 Cu CE1 B:His436 3.83 Cu CG B:His436 3.83 Cu CA B:His436 4.58 Cu CU B:Cu602 4.09 Cu CU B:Cu603 4.04 Cu CL B:Cl610 2.74 Cu O1 B:Oxy1620 3.87 Cu O2 B:Oxy1620 2.83 Cu O B:Hoh674 4.94 interactive model: