Copper in the structure of The Deletion Mutant of Multicopper Oxidase Cueo (pdb 2yxw)

The binding sites of Copper atom in the structure of The Deletion Mutant of Multicopper Oxidase Cueo (pdb code 2yxw). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 2yxw structure was solved by Y.HIGUCHI, H.KOMORI, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 25.9-1.5 Space group P1 a (A) 50.326 b (A) 51.573 c (A) 86.698 alpha (°) 83.77 beta (°) 90.38 gamma (°) 67.14 Rfactor (%) 17.7 Rfree (%) 20.7 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 10 in 2yxw Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Leu442, A: His443, A: Cys500, A: Leu502, A: His505, A: Met510, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O A:Leu442 3.72 Cu C A:Leu442 4.41 Cu NE2 A:His443 4.12 Cu N A:His443 4.44 Cu CB A:His443 3.51 Cu ND1 A:His443 2.06 Cu CD2 A:His443 4.20 Cu C A:His443 4.92 Cu CE1 A:His443 2.98 Cu CG A:His443 3.11 Cu CA A:His443 3.71 Cu CB A:Cys500 3.23 Cu SG A:Cys500 2.16 Cu CA A:Cys500 4.63 Cu O A:Leu502 4.91 Cu N A:Leu502 4.99 Cu CB A:Leu502 4.00 Cu CD1 A:Leu502 4.62 Cu CG A:Leu502 4.83 Cu NE2 A:His505 4.12 Cu CB A:His505 3.33 Cu ND1 A:His505 2.02 Cu CD2 A:His505 4.14 Cu CE1 A:His505 3.02 Cu CG A:His505 3.01 Cu CA A:His505 4.87 Cu CE A:Met510 4.12 Cu CG A:Met510 4.82 Cu SD A:Met510 3.32 interactive model: Copper binding site 2 out of 10 in 2yxw Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His101, A: Trp102, A: His103, A: Gly104, A: His446, A: His448, A: C2o702, A: Hoh720, A: Hoh740, A: Hoh755, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His101 1.96 Cu ND1 A:His101 4.01 Cu CD2 A:His101 3.04 Cu CE1 A:His101 2.87 Cu CG A:His101 4.11 Cu C A:Trp102 4.92 Cu O A:Trp102 4.77 Cu NE2 A:His103 4.46 Cu N A:His103 4.43 Cu CB A:His103 3.69 Cu ND1 A:His103 3.55 Cu CD2 A:His103 4.08 Cu C A:His103 4.37 Cu CE1 A:His103 4.18 Cu CG A:His103 3.54 Cu CA A:His103 3.50 Cu N A:Gly104 4.21 Cu NE2 A:His446 1.90 Cu ND1 A:His446 3.99 Cu CD2 A:His446 2.89 Cu CE1 A:His446 2.88 Cu CG A:His446 4.01 Cu NE2 A:His448 3.21 Cu N A:His448 4.92 Cu CB A:His448 4.56 Cu ND1 A:His448 4.05 Cu CD2 A:His448 3.11 Cu CE1 A:His448 3.79 Cu CG A:His448 3.69 Cu CA A:His448 4.48 Cu O1 A:C2o702 2.74 Cu CU3 A:C2o702 3.91 Cu CU2 A:C2o702 3.56 Cu O A:Hoh720 4.71 Cu O A:Hoh740 4.63 Cu O A:Hoh755 2.65 interactive model: Copper binding site 3 out of 10 in 2yxw Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Glu110, A: Glu493, A: His494, A: Hoh1035, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu OE1 A:Glu110 2.28 Cu OE2 A:Glu110 3.81 Cu CD A:Glu110 3.27 Cu CG A:Glu110 4.35 Cu OE1 A:Glu493 4.31 Cu NE2 A:His494 2.02 Cu ND1 A:His494 4.12 Cu CD2 A:His494 2.95 Cu CE1 A:His494 3.04 Cu CG A:His494 4.11 Cu O A:Hoh1035 2.37 interactive model: Copper binding site 4 out of 10 in 2yxw Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His101, A: His141, A: His143, A: His446, A: His448, A: Met497, A: His499, A: His501, A: Glu506, A: Cu703, A: C2o702, A: Hoh816, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His101 3.88 Cu CD2 A:His101 3.89 Cu CE1 A:His101 4.63 Cu CG A:His101 4.66 Cu NE2 A:His141 4.73 Cu CE1 A:His141 4.47 Cu NE2 A:His143 2.00 Cu ND1 A:His143 4.10 Cu CD2 A:His143 3.04 Cu CE1 A:His143 2.96 Cu CG A:His143 4.16 Cu NE2 A:His446 3.97 Cu CD2 A:His446 3.50 Cu CG A:His446 4.74 Cu NE2 A:His448 2.03 Cu ND1 A:His448 4.06 Cu CD2 A:His448 3.11 Cu CE1 A:His448 2.91 Cu CG A:His448 4.19 Cu CB A:Met497 4.87 Cu NE2 A:His499 2.09 Cu ND1 A:His499 4.13 Cu CD2 A:His499 3.15 Cu CE1 A:His499 2.98 Cu CG A:His499 4.24 Cu NE2 A:His501 4.66 Cu CD2 A:His501 4.63 Cu OE1 A:Glu506 4.76 Cu CU A:Cu703 3.56 Cu O1 A:C2o702 1.98 Cu CU3 A:C2o702 3.86 Cu CU2 A:C2o702 0.00 Cu O A:Hoh816 3.32 interactive model: Copper binding site 5 out of 10 in 2yxw Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 5 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His101, A: His103, A: Trp139, A: His141, A: His143, A: His446, A: His499, A: His501, A: Cu703, A: C2o702, A: Hoh816, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His101 4.39 Cu CD2 A:His101 4.06 Cu NE2 A:His103 4.06 Cu CB A:His103 3.54 Cu ND1 A:His103 2.03 Cu CD2 A:His103 4.18 Cu CE1 A:His103 2.89 Cu CG A:His103 3.13 Cu CA A:His103 4.73 Cu CZ2 A:Trp139 4.07 Cu CE2 A:Trp139 4.42 Cu NE1 A:Trp139 4.51 Cu CH2 A:Trp139 4.78 Cu NE2 A:His141 2.04 Cu ND1 A:His141 4.06 Cu CD2 A:His141 3.14 Cu CE1 A:His141 2.89 Cu CG A:His141 4.21 Cu NE2 A:His143 4.87 Cu NE2 A:His446 4.19 Cu CD2 A:His446 4.10 Cu CE1 A:His446 4.99 Cu CG A:His446 4.90 Cu NE2 A:His499 4.89 Cu CE1 A:His499 4.75 Cu NE2 A:His501 2.08 Cu ND1 A:His501 4.19 Cu CD2 A:His501 3.04 Cu CE1 A:His501 3.09 Cu CG A:His501 4.20 Cu CU A:Cu703 3.91 Cu O1 A:C2o702 1.99 Cu CU3 A:C2o702 0.00 Cu CU2 A:C2o702 3.86 Cu O A:Hoh816 4.07 interactive model: Copper binding site 6 out of 10 in 2yxw Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 6 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: Leu442, B: His443, B: Cys500, B: Leu502, B: His505, B: Met510, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O B:Leu442 3.85 Cu C B:Leu442 4.49 Cu NE2 B:His443 4.06 Cu N B:His443 4.47 Cu CB B:His443 3.42 Cu ND1 B:His443 1.99 Cu CD2 B:His443 4.12 Cu C B:His443 4.92 Cu CE1 B:His443 2.94 Cu CG B:His443 3.03 Cu CA B:His443 3.71 Cu CB B:Cys500 3.15 Cu SG B:Cys500 2.28 Cu CA B:Cys500 4.59 Cu O B:Leu502 4.90 Cu CB B:Leu502 4.06 Cu CD1 B:Leu502 4.70 Cu CG B:Leu502 4.85 Cu NE2 B:His505 4.09 Cu CB B:His505 3.36 Cu ND1 B:His505 2.01 Cu CD2 B:His505 4.14 Cu CE1 B:His505 2.96 Cu CG B:His505 3.03 Cu CA B:His505 4.89 Cu CE B:Met510 4.15 Cu CG B:Met510 4.77 Cu SD B:Met510 3.32 interactive model: Copper binding site 7 out of 10 in 2yxw Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 7 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His101, B: Trp102, B: His103, B: Gly104, B: His446, B: His448, B: His499, B: C2o702, B: Hoh715, B: Hoh719, B: Hoh803, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His101 1.98 Cu ND1 B:His101 3.96 Cu CD2 B:His101 3.11 Cu CE1 B:His101 2.77 Cu CG B:His101 4.14 Cu C B:Trp102 4.99 Cu O B:Trp102 4.83 Cu NE2 B:His103 4.51 Cu N B:His103 4.52 Cu CB B:His103 3.82 Cu ND1 B:His103 3.61 Cu CD2 B:His103 4.19 Cu C B:His103 4.46 Cu CE1 B:His103 4.21 Cu CG B:His103 3.61 Cu CA B:His103 3.59 Cu N B:Gly104 4.25 Cu NE2 B:His446 1.95 Cu ND1 B:His446 4.06 Cu CD2 B:His446 2.89 Cu CE1 B:His446 2.98 Cu CG B:His446 4.05 Cu NE2 B:His448 3.04 Cu N B:His448 4.95 Cu CB B:His448 4.53 Cu ND1 B:His448 3.90 Cu CD2 B:His448 3.06 Cu CE1 B:His448 3.60 Cu CG B:His448 3.63 Cu CA B:His448 4.47 Cu NE2 B:His499 4.99 Cu O1 B:C2o702 2.85 Cu CU3 B:C2o702 3.99 Cu CU2 B:C2o702 3.54 Cu O B:Hoh715 4.46 Cu O B:Hoh719 4.68 Cu O B:Hoh803 2.63 interactive model: Copper binding site 8 out of 10 in 2yxw Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 8 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His518, B: His520, B: Hoh955, B: Hoh1003, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His518 2.03 Cu ND1 B:His518 4.13 Cu CD2 B:His518 2.99 Cu CE1 B:His518 3.04 Cu CG B:His518 4.14 Cu NE2 B:His520 2.03 Cu ND1 B:His520 4.10 Cu CD2 B:His520 2.99 Cu CE1 B:His520 3.01 Cu CG B:His520 4.13 Cu O B:Hoh955 2.74 Cu O B:Hoh1003 4.64 interactive model: Copper binding site 9 out of 10 in 2yxw Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 9 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His101, B: His103, B: His141, B: His143, B: His446, B: His448, B: Met497, B: His499, B: His501, B: Glu506, B: Cu703, B: C2o702, B: Hoh982, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His101 3.78 Cu CD2 B:His101 3.84 Cu CE1 B:His101 4.60 Cu CG B:His101 4.70 Cu ND1 B:His103 5.00 Cu NE2 B:His141 4.69 Cu CE1 B:His141 4.50 Cu NE2 B:His143 2.03 Cu ND1 B:His143 4.14 Cu CD2 B:His143 3.02 Cu CE1 B:His143 3.02 Cu CG B:His143 4.16 Cu NE2 B:His446 4.03 Cu CD2 B:His446 3.51 Cu CG B:His446 4.74 Cu NE2 B:His448 2.05 Cu ND1 B:His448 4.06 Cu CD2 B:His448 3.18 Cu CE1 B:His448 2.88 Cu CG B:His448 4.23 Cu CB B:Met497 4.96 Cu NE2 B:His499 2.09 Cu ND1 B:His499 4.12 Cu CD2 B:His499 3.13 Cu CE1 B:His499 2.98 Cu CG B:His499 4.22 Cu NE2 B:His501 4.53 Cu CD2 B:His501 4.56 Cu OE1 B:Glu506 4.89 Cu CU B:Cu703 3.54 Cu O1 B:C2o702 1.99 Cu CU3 B:C2o702 3.84 Cu CU2 B:C2o702 0.00 Cu O B:Hoh982 3.47 interactive model: Copper binding site 10 out of 10 in 2yxw Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 10 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His101, B: His103, B: Trp139, B: His141, B: His143, B: His446, B: His499, B: His501, B: Cu703, B: C2o702, B: Hoh982, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His101 4.29 Cu CD2 B:His101 4.01 Cu NE2 B:His103 4.05 Cu CB B:His103 3.57 Cu ND1 B:His103 2.02 Cu CD2 B:His103 4.19 Cu CE1 B:His103 2.87 Cu CG B:His103 3.13 Cu CA B:His103 4.75 Cu CZ2 B:Trp139 4.07 Cu CE2 B:Trp139 4.46 Cu NE1 B:Trp139 4.54 Cu CH2 B:Trp139 4.79 Cu NE2 B:His141 2.01 Cu ND1 B:His141 4.06 Cu CD2 B:His141 3.08 Cu CE1 B:His141 2.92 Cu CG B:His141 4.17 Cu NE2 B:His143 4.88 Cu NE2 B:His446 4.24 Cu CD2 B:His446 4.18 Cu CG B:His446 4.96 Cu NE2 B:His499 4.91 Cu CE1 B:His499 4.81 Cu NE2 B:His501 2.02 Cu ND1 B:His501 4.12 Cu CD2 B:His501 3.06 Cu CE1 B:His501 2.97 Cu CG B:His501 4.17 Cu CU B:Cu703 3.99 Cu O1 B:C2o702 1.94 Cu CU3 B:C2o702 0.00 Cu CU2 B:C2o702 3.84 Cu O B:Hoh982 4.01 interactive model: