Copper binding site 1 out of 10 in 2yxw
|
 Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Leu442, A: His443, A: Cys500, A: Leu502, A: His505, A: Met510, |
conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | O A:Leu442 | 3.72 | Cu | C A:Leu442 | 4.41 | Cu | NE2 A:His443 | 4.12 | Cu | N A:His443 | 4.44 | Cu | CB A:His443 | 3.51 | Cu | ND1 A:His443 | 2.06 | Cu | CD2 A:His443 | 4.20 | Cu | C A:His443 | 4.92 | Cu | CE1 A:His443 | 2.98 | Cu | CG A:His443 | 3.11 | Cu | CA A:His443 | 3.71 | Cu | CB A:Cys500 | 3.23 | Cu | SG A:Cys500 | 2.16 | Cu | CA A:Cys500 | 4.63 | Cu | O A:Leu502 | 4.91 | Cu | N A:Leu502 | 4.99 | Cu | CB A:Leu502 | 4.00 | Cu | CD1 A:Leu502 | 4.62 | Cu | CG A:Leu502 | 4.83 | Cu | NE2 A:His505 | 4.12 | Cu | CB A:His505 | 3.33 | Cu | ND1 A:His505 | 2.02 | Cu | CD2 A:His505 | 4.14 | Cu | CE1 A:His505 | 3.02 | Cu | CG A:His505 | 3.01 | Cu | CA A:His505 | 4.87 | Cu | CE A:Met510 | 4.12 | Cu | CG A:Met510 | 4.82 | Cu | SD A:Met510 | 3.32 |
| interactive model:
|
Copper binding site 2 out of 10 in 2yxw
|
 Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His101, A: Trp102, A: His103, A: Gly104, A: His446, A: His448, A: C2o702, A: Hoh720, A: Hoh740, A: Hoh755, |
conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | NE2 A:His101 | 1.96 | Cu | ND1 A:His101 | 4.01 | Cu | CD2 A:His101 | 3.04 | Cu | CE1 A:His101 | 2.87 | Cu | CG A:His101 | 4.11 | Cu | C A:Trp102 | 4.92 | Cu | O A:Trp102 | 4.77 | Cu | NE2 A:His103 | 4.46 | Cu | N A:His103 | 4.43 | Cu | CB A:His103 | 3.69 | Cu | ND1 A:His103 | 3.55 | Cu | CD2 A:His103 | 4.08 | Cu | C A:His103 | 4.37 | Cu | CE1 A:His103 | 4.18 | Cu | CG A:His103 | 3.54 | Cu | CA A:His103 | 3.50 | Cu | N A:Gly104 | 4.21 | Cu | NE2 A:His446 | 1.90 | Cu | ND1 A:His446 | 3.99 | Cu | CD2 A:His446 | 2.89 | Cu | CE1 A:His446 | 2.88 | Cu | CG A:His446 | 4.01 | Cu | NE2 A:His448 | 3.21 | Cu | N A:His448 | 4.92 | Cu | CB A:His448 | 4.56 | Cu | ND1 A:His448 | 4.05 | Cu | CD2 A:His448 | 3.11 | Cu | CE1 A:His448 | 3.79 | Cu | CG A:His448 | 3.69 | Cu | CA A:His448 | 4.48 | Cu | O1 A:C2o702 | 2.74 | Cu | CU3 A:C2o702 | 3.91 | Cu | CU2 A:C2o702 | 3.56 | Cu | O A:Hoh720 | 4.71 | Cu | O A:Hoh740 | 4.63 | Cu | O A:Hoh755 | 2.65 |
| interactive model:
|
Copper binding site 3 out of 10 in 2yxw
|
 Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Glu110, A: Glu493, A: His494, A: Hoh1035, |
conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | OE1 A:Glu110 | 2.28 | Cu | OE2 A:Glu110 | 3.81 | Cu | CD A:Glu110 | 3.27 | Cu | CG A:Glu110 | 4.35 | Cu | OE1 A:Glu493 | 4.31 | Cu | NE2 A:His494 | 2.02 | Cu | ND1 A:His494 | 4.12 | Cu | CD2 A:His494 | 2.95 | Cu | CE1 A:His494 | 3.04 | Cu | CG A:His494 | 4.11 | Cu | O A:Hoh1035 | 2.37 |
| interactive model:
|
Copper binding site 4 out of 10 in 2yxw
|
 Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His101, A: His141, A: His143, A: His446, A: His448, A: Met497, A: His499, A: His501, A: Glu506, A: Cu703, A: C2o702, A: Hoh816, |
conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | NE2 A:His101 | 3.88 | Cu | CD2 A:His101 | 3.89 | Cu | CE1 A:His101 | 4.63 | Cu | CG A:His101 | 4.66 | Cu | NE2 A:His141 | 4.73 | Cu | CE1 A:His141 | 4.47 | Cu | NE2 A:His143 | 2.00 | Cu | ND1 A:His143 | 4.10 | Cu | CD2 A:His143 | 3.04 | Cu | CE1 A:His143 | 2.96 | Cu | CG A:His143 | 4.16 | Cu | NE2 A:His446 | 3.97 | Cu | CD2 A:His446 | 3.50 | Cu | CG A:His446 | 4.74 | Cu | NE2 A:His448 | 2.03 | Cu | ND1 A:His448 | 4.06 | Cu | CD2 A:His448 | 3.11 | Cu | CE1 A:His448 | 2.91 | Cu | CG A:His448 | 4.19 | Cu | CB A:Met497 | 4.87 | Cu | NE2 A:His499 | 2.09 | Cu | ND1 A:His499 | 4.13 | Cu | CD2 A:His499 | 3.15 | Cu | CE1 A:His499 | 2.98 | Cu | CG A:His499 | 4.24 | Cu | NE2 A:His501 | 4.66 | Cu | CD2 A:His501 | 4.63 | Cu | OE1 A:Glu506 | 4.76 | Cu | CU A:Cu703 | 3.56 | Cu | O1 A:C2o702 | 1.98 | Cu | CU3 A:C2o702 | 3.86 | Cu | CU2 A:C2o702 | 0.00 | Cu | O A:Hoh816 | 3.32 |
| interactive model:
|
Copper binding site 5 out of 10 in 2yxw
|
 Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 5 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His101, A: His103, A: Trp139, A: His141, A: His143, A: His446, A: His499, A: His501, A: Cu703, A: C2o702, A: Hoh816, |
conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | NE2 A:His101 | 4.39 | Cu | CD2 A:His101 | 4.06 | Cu | NE2 A:His103 | 4.06 | Cu | CB A:His103 | 3.54 | Cu | ND1 A:His103 | 2.03 | Cu | CD2 A:His103 | 4.18 | Cu | CE1 A:His103 | 2.89 | Cu | CG A:His103 | 3.13 | Cu | CA A:His103 | 4.73 | Cu | CZ2 A:Trp139 | 4.07 | Cu | CE2 A:Trp139 | 4.42 | Cu | NE1 A:Trp139 | 4.51 | Cu | CH2 A:Trp139 | 4.78 | Cu | NE2 A:His141 | 2.04 | Cu | ND1 A:His141 | 4.06 | Cu | CD2 A:His141 | 3.14 | Cu | CE1 A:His141 | 2.89 | Cu | CG A:His141 | 4.21 | Cu | NE2 A:His143 | 4.87 | Cu | NE2 A:His446 | 4.19 | Cu | CD2 A:His446 | 4.10 | Cu | CE1 A:His446 | 4.99 | Cu | CG A:His446 | 4.90 | Cu | NE2 A:His499 | 4.89 | Cu | CE1 A:His499 | 4.75 | Cu | NE2 A:His501 | 2.08 | Cu | ND1 A:His501 | 4.19 | Cu | CD2 A:His501 | 3.04 | Cu | CE1 A:His501 | 3.09 | Cu | CG A:His501 | 4.20 | Cu | CU A:Cu703 | 3.91 | Cu | O1 A:C2o702 | 1.99 | Cu | CU3 A:C2o702 | 0.00 | Cu | CU2 A:C2o702 | 3.86 | Cu | O A:Hoh816 | 4.07 |
| interactive model:
|
Copper binding site 6 out of 10 in 2yxw
|
 Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 6 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: Leu442, B: His443, B: Cys500, B: Leu502, B: His505, B: Met510, |
conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | O B:Leu442 | 3.85 | Cu | C B:Leu442 | 4.49 | Cu | NE2 B:His443 | 4.06 | Cu | N B:His443 | 4.47 | Cu | CB B:His443 | 3.42 | Cu | ND1 B:His443 | 1.99 | Cu | CD2 B:His443 | 4.12 | Cu | C B:His443 | 4.92 | Cu | CE1 B:His443 | 2.94 | Cu | CG B:His443 | 3.03 | Cu | CA B:His443 | 3.71 | Cu | CB B:Cys500 | 3.15 | Cu | SG B:Cys500 | 2.28 | Cu | CA B:Cys500 | 4.59 | Cu | O B:Leu502 | 4.90 | Cu | CB B:Leu502 | 4.06 | Cu | CD1 B:Leu502 | 4.70 | Cu | CG B:Leu502 | 4.85 | Cu | NE2 B:His505 | 4.09 | Cu | CB B:His505 | 3.36 | Cu | ND1 B:His505 | 2.01 | Cu | CD2 B:His505 | 4.14 | Cu | CE1 B:His505 | 2.96 | Cu | CG B:His505 | 3.03 | Cu | CA B:His505 | 4.89 | Cu | CE B:Met510 | 4.15 | Cu | CG B:Met510 | 4.77 | Cu | SD B:Met510 | 3.32 |
| interactive model:
|
Copper binding site 7 out of 10 in 2yxw
|
 Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 7 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His101, B: Trp102, B: His103, B: Gly104, B: His446, B: His448, B: His499, B: C2o702, B: Hoh715, B: Hoh719, B: Hoh803, |
conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | NE2 B:His101 | 1.98 | Cu | ND1 B:His101 | 3.96 | Cu | CD2 B:His101 | 3.11 | Cu | CE1 B:His101 | 2.77 | Cu | CG B:His101 | 4.14 | Cu | C B:Trp102 | 4.99 | Cu | O B:Trp102 | 4.83 | Cu | NE2 B:His103 | 4.51 | Cu | N B:His103 | 4.52 | Cu | CB B:His103 | 3.82 | Cu | ND1 B:His103 | 3.61 | Cu | CD2 B:His103 | 4.19 | Cu | C B:His103 | 4.46 | Cu | CE1 B:His103 | 4.21 | Cu | CG B:His103 | 3.61 | Cu | CA B:His103 | 3.59 | Cu | N B:Gly104 | 4.25 | Cu | NE2 B:His446 | 1.95 | Cu | ND1 B:His446 | 4.06 | Cu | CD2 B:His446 | 2.89 | Cu | CE1 B:His446 | 2.98 | Cu | CG B:His446 | 4.05 | Cu | NE2 B:His448 | 3.04 | Cu | N B:His448 | 4.95 | Cu | CB B:His448 | 4.53 | Cu | ND1 B:His448 | 3.90 | Cu | CD2 B:His448 | 3.06 | Cu | CE1 B:His448 | 3.60 | Cu | CG B:His448 | 3.63 | Cu | CA B:His448 | 4.47 | Cu | NE2 B:His499 | 4.99 | Cu | O1 B:C2o702 | 2.85 | Cu | CU3 B:C2o702 | 3.99 | Cu | CU2 B:C2o702 | 3.54 | Cu | O B:Hoh715 | 4.46 | Cu | O B:Hoh719 | 4.68 | Cu | O B:Hoh803 | 2.63 |
| interactive model:
|
Copper binding site 8 out of 10 in 2yxw
|
 Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 8 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His518, B: His520, B: Hoh955, B: Hoh1003, |
conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | NE2 B:His518 | 2.03 | Cu | ND1 B:His518 | 4.13 | Cu | CD2 B:His518 | 2.99 | Cu | CE1 B:His518 | 3.04 | Cu | CG B:His518 | 4.14 | Cu | NE2 B:His520 | 2.03 | Cu | ND1 B:His520 | 4.10 | Cu | CD2 B:His520 | 2.99 | Cu | CE1 B:His520 | 3.01 | Cu | CG B:His520 | 4.13 | Cu | O B:Hoh955 | 2.74 | Cu | O B:Hoh1003 | 4.64 |
| interactive model:
|
Copper binding site 9 out of 10 in 2yxw
|
 Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 9 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His101, B: His103, B: His141, B: His143, B: His446, B: His448, B: Met497, B: His499, B: His501, B: Glu506, B: Cu703, B: C2o702, B: Hoh982, |
conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | NE2 B:His101 | 3.78 | Cu | CD2 B:His101 | 3.84 | Cu | CE1 B:His101 | 4.60 | Cu | CG B:His101 | 4.70 | Cu | ND1 B:His103 | 5.00 | Cu | NE2 B:His141 | 4.69 | Cu | CE1 B:His141 | 4.50 | Cu | NE2 B:His143 | 2.03 | Cu | ND1 B:His143 | 4.14 | Cu | CD2 B:His143 | 3.02 | Cu | CE1 B:His143 | 3.02 | Cu | CG B:His143 | 4.16 | Cu | NE2 B:His446 | 4.03 | Cu | CD2 B:His446 | 3.51 | Cu | CG B:His446 | 4.74 | Cu | NE2 B:His448 | 2.05 | Cu | ND1 B:His448 | 4.06 | Cu | CD2 B:His448 | 3.18 | Cu | CE1 B:His448 | 2.88 | Cu | CG B:His448 | 4.23 | Cu | CB B:Met497 | 4.96 | Cu | NE2 B:His499 | 2.09 | Cu | ND1 B:His499 | 4.12 | Cu | CD2 B:His499 | 3.13 | Cu | CE1 B:His499 | 2.98 | Cu | CG B:His499 | 4.22 | Cu | NE2 B:His501 | 4.53 | Cu | CD2 B:His501 | 4.56 | Cu | OE1 B:Glu506 | 4.89 | Cu | CU B:Cu703 | 3.54 | Cu | O1 B:C2o702 | 1.99 | Cu | CU3 B:C2o702 | 3.84 | Cu | CU2 B:C2o702 | 0.00 | Cu | O B:Hoh982 | 3.47 |
| interactive model:
|
Copper binding site 10 out of 10 in 2yxw
|
 Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 10 of Copper in the PDB 2yxw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His101, B: His103, B: Trp139, B: His141, B: His143, B: His446, B: His499, B: His501, B: Cu703, B: C2o702, B: Hoh982, |
conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | NE2 B:His101 | 4.29 | Cu | CD2 B:His101 | 4.01 | Cu | NE2 B:His103 | 4.05 | Cu | CB B:His103 | 3.57 | Cu | ND1 B:His103 | 2.02 | Cu | CD2 B:His103 | 4.19 | Cu | CE1 B:His103 | 2.87 | Cu | CG B:His103 | 3.13 | Cu | CA B:His103 | 4.75 | Cu | CZ2 B:Trp139 | 4.07 | Cu | CE2 B:Trp139 | 4.46 | Cu | NE1 B:Trp139 | 4.54 | Cu | CH2 B:Trp139 | 4.79 | Cu | NE2 B:His141 | 2.01 | Cu | ND1 B:His141 | 4.06 | Cu | CD2 B:His141 | 3.08 | Cu | CE1 B:His141 | 2.92 | Cu | CG B:His141 | 4.17 | Cu | NE2 B:His143 | 4.88 | Cu | NE2 B:His446 | 4.24 | Cu | CD2 B:His446 | 4.18 | Cu | CG B:His446 | 4.96 | Cu | NE2 B:His499 | 4.91 | Cu | CE1 B:His499 | 4.81 | Cu | NE2 B:His501 | 2.02 | Cu | ND1 B:His501 | 4.12 | Cu | CD2 B:His501 | 3.06 | Cu | CE1 B:His501 | 2.97 | Cu | CG B:His501 | 4.17 | Cu | CU B:Cu703 | 3.99 | Cu | O1 B:C2o702 | 1.94 | Cu | CU3 B:C2o702 | 0.00 | Cu | CU2 B:C2o702 | 3.84 | Cu | O B:Hoh982 | 4.01 |
| interactive model:
|