Copper in the structure of X-Ray Induced Reduction of Laccase From Thermus Thermophilus HB27 (62.5-75.0 Percent Dose) (pdb 2yap)

The binding sites of Copper atom in the structure of X-Ray Induced Reduction of Laccase From Thermus Thermophilus HB27 (62.5-75.0 Percent Dose) (pdb code 2yap). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 2yap structure was solved by H.SERRANO-POSADA, E.RUDINO-PINERA, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 27.9-1.8 Space group C2221 a (A) 93.537 b (A) 110.173 c (A) 96.247 alpha (°) 90.00 beta (°) 90.00 gamma (°) 90.00 Rfactor (%) 14.9 Rfree (%) 17.89 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 3 in 2yap Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 2yap. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His95, A: His97, A: Trp133, A: His135, A: His396, A: His446, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His95 4.41 Cu CD2 A:His95 3.76 Cu CG A:His95 4.88 Cu NE2 A:His97 4.05 Cu CB A:His97 3.40 Cu ND1 A:His97 1.98 Cu CD2 A:His97 4.12 Cu CE1 A:His97 2.92 Cu CG A:His97 3.02 Cu CA A:His97 4.65 Cu CD1 A:Trp133 4.99 Cu CD2 A:Trp133 4.82 Cu CZ2 A:Trp133 3.56 Cu CE2 A:Trp133 3.87 Cu NE1 A:Trp133 4.02 Cu CH2 A:Trp133 4.29 Cu NE2 A:His135 2.07 Cu ND1 A:His135 4.16 Cu CD2 A:His135 3.02 Cu CE1 A:His135 3.07 Cu CG A:His135 4.17 Cu NE2 A:His396 4.42 Cu CD2 A:His396 4.49 Cu NE2 A:His446 2.14 Cu ND1 A:His446 4.15 Cu CD2 A:His446 3.18 Cu CE1 A:His446 3.01 Cu CG A:His446 4.26 interactive model: Copper binding site 2 out of 3 in 2yap Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 2yap. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Asp392, A: His393, A: Pro394, A: Cys445, A: Ile447, A: His450, A: Met455, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O A:Asp392 4.48 Cu NE2 A:His393 4.18 Cu CB A:His393 3.61 Cu ND1 A:His393 2.14 Cu CD2 A:His393 4.30 Cu C A:His393 4.97 Cu CE1 A:His393 3.02 Cu CG A:His393 3.22 Cu CA A:His393 4.02 Cu CD A:Pro394 4.58 Cu CB A:Cys445 3.23 Cu SG A:Cys445 2.19 Cu CA A:Cys445 4.61 Cu O A:Ile447 4.69 Cu N A:Ile447 4.74 Cu CB A:Ile447 3.95 Cu CD1 A:Ile447 3.96 Cu CG2 A:Ile447 4.72 Cu CG1 A:Ile447 4.41 Cu CA A:Ile447 4.87 Cu NE2 A:His450 4.16 Cu CB A:His450 3.34 Cu ND1 A:His450 2.07 Cu CD2 A:His450 4.18 Cu CE1 A:His450 3.05 Cu CG A:His450 3.04 Cu CA A:His450 4.87 Cu CE A:Met455 4.59 Cu SD A:Met455 3.57 interactive model: Copper binding site 3 out of 3 in 2yap Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 2yap. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His95, A: His137, A: His396, A: His398, A: Val442, A: His444, A: Glu451, A: Hoh2492, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His95 3.73 Cu ND1 A:His95 4.70 Cu CD2 A:His95 3.59 Cu CE1 A:His95 4.43 Cu CG A:His95 4.26 Cu NE2 A:His137 3.14 Cu NE2 A:His137 2.33 Cu CB A:His137 4.88 Cu ND1 A:His137 4.49 Cu ND1 A:His137 4.25 Cu CD2 A:His137 3.02 Cu CD2 A:His137 2.61 Cu CE1 A:His137 4.09 Cu CE1 A:His137 3.52 Cu CG A:His137 3.95 Cu CG A:His137 3.85 Cu NE2 A:His396 4.03 Cu CD2 A:His396 3.56 Cu CG A:His396 4.80 Cu NE2 A:His398 1.75 Cu ND1 A:His398 3.80 Cu CD2 A:His398 2.86 Cu CE1 A:His398 2.65 Cu CG A:His398 3.92 Cu CG2 A:Val442 4.38 Cu NE2 A:His444 1.97 Cu ND1 A:His444 4.05 Cu CD2 A:His444 2.91 Cu CE1 A:His444 2.98 Cu CG A:His444 4.05 Cu OE1 A:Glu451 4.81 Cu O A:Hoh2492 3.92 interactive model: