Copper in the structure of X-Ray Induced Reduction of Laccase From Thermus Thermophilus HB27 (50.0-62.5 Percent Dose) (pdb 2yao)

The binding sites of Copper atom in the structure of X-Ray Induced Reduction of Laccase From Thermus Thermophilus HB27 (50.0-62.5 Percent Dose) (pdb code 2yao). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 2yao structure was solved by H.SERRANO-POSADA, E.RUDINO-PINERA, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 29.3-1.8 Space group C2221 a (A) 93.546 b (A) 110.223 c (A) 96.328 alpha (°) 90.00 beta (°) 90.00 gamma (°) 90.00 Rfactor (%) 14.86 Rfree (%) 18.24 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 3 in 2yao Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 2yao. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His95, A: His97, A: Trp133, A: His135, A: His396, A: His446, A: Oh1482, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His95 4.35 Cu CD2 A:His95 3.73 Cu CG A:His95 4.86 Cu NE2 A:His97 4.09 Cu CB A:His97 3.40 Cu ND1 A:His97 2.02 Cu CD2 A:His97 4.15 Cu CE1 A:His97 2.96 Cu CG A:His97 3.04 Cu CA A:His97 4.66 Cu CD1 A:Trp133 4.96 Cu CD2 A:Trp133 4.84 Cu CZ2 A:Trp133 3.60 Cu CE2 A:Trp133 3.88 Cu NE1 A:Trp133 3.99 Cu CH2 A:Trp133 4.36 Cu NE2 A:His135 2.06 Cu ND1 A:His135 4.16 Cu CD2 A:His135 2.98 Cu CE1 A:His135 3.09 Cu CG A:His135 4.14 Cu NE2 A:His396 4.44 Cu CD2 A:His396 4.53 Cu NE2 A:His446 2.14 Cu ND1 A:His446 4.15 Cu CD2 A:His446 3.18 Cu CE1 A:His446 3.01 Cu CG A:His446 4.26 Cu O A:Oh1482 2.94 Cu HO A:Oh1482 2.72 interactive model: Copper binding site 2 out of 3 in 2yao Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 2yao. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Asp392, A: His393, A: Pro394, A: Cys445, A: Ile447, A: His450, A: Met455, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O A:Asp392 4.45 Cu NE2 A:His393 4.14 Cu CB A:His393 3.60 Cu ND1 A:His393 2.11 Cu CD2 A:His393 4.26 Cu C A:His393 4.98 Cu CE1 A:His393 2.98 Cu CG A:His393 3.19 Cu CA A:His393 4.01 Cu CD A:Pro394 4.56 Cu CB A:Cys445 3.24 Cu SG A:Cys445 2.19 Cu CA A:Cys445 4.63 Cu O A:Ile447 4.69 Cu N A:Ile447 4.75 Cu CB A:Ile447 3.97 Cu CD1 A:Ile447 3.97 Cu CG2 A:Ile447 4.76 Cu CG1 A:Ile447 4.41 Cu CA A:Ile447 4.88 Cu NE2 A:His450 4.16 Cu CB A:His450 3.38 Cu ND1 A:His450 2.08 Cu CD2 A:His450 4.19 Cu CE1 A:His450 3.05 Cu CG A:His450 3.07 Cu CA A:His450 4.90 Cu CE A:Met455 4.65 Cu SD A:Met455 3.59 interactive model: Copper binding site 3 out of 3 in 2yao Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 2yao. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His95, A: His137, A: His396, A: His398, A: Val442, A: His444, A: Glu451, A: Oh1482, A: Hoh2522, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His95 3.74 Cu ND1 A:His95 4.72 Cu CD2 A:His95 3.59 Cu CE1 A:His95 4.46 Cu CG A:His95 4.27 Cu NE2 A:His137 3.10 Cu NE2 A:His137 2.26 Cu CB A:His137 4.90 Cu ND1 A:His137 4.53 Cu ND1 A:His137 4.26 Cu CD2 A:His137 2.96 Cu CD2 A:His137 2.59 Cu CE1 A:His137 4.10 Cu CE1 A:His137 3.49 Cu CG A:His137 3.97 Cu CG A:His137 3.86 Cu NE2 A:His396 4.06 Cu CD2 A:His396 3.60 Cu CG A:His396 4.84 Cu NE2 A:His398 1.76 Cu ND1 A:His398 3.80 Cu CD2 A:His398 2.86 Cu CE1 A:His398 2.66 Cu CG A:His398 3.92 Cu CG2 A:Val442 4.48 Cu NE2 A:His444 1.96 Cu ND1 A:His444 4.05 Cu CD2 A:His444 2.84 Cu CE1 A:His444 3.01 Cu CG A:His444 4.01 Cu OE1 A:Glu451 4.74 Cu OE2 A:Glu451 4.90 Cu CD A:Glu451 4.94 Cu O A:Oh1482 2.63 Cu HO A:Oh1482 2.40 Cu O A:Hoh2522 3.87 interactive model: