Copper in the structure of Structure and Copper-Binding Properties of Methanobactins From Methylosinus Trichosporium OB3B (pdb 2xji)

The binding sites of Copper atom in the structure of Structure and Copper-Binding Properties of Methanobactins From Methylosinus Trichosporium OB3B (pdb code 2xji). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 2xji structure was solved by A.EL-GHAZOUANI, A.BASLE, S.J.FIRBANK, C.W.KNAPP, J.GRAY, D.W.GRAHAM, C.DENNISON, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 20.0-1.0 Space group I222 a (A) 31.710 b (A) 39.570 c (A) 85.050 alpha (°) 90.00 beta (°) 90.00 gamma (°) 90.00 Rfactor (%) 11.37 Rfree (%) 12.91 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 8 in 2xji Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 2xji. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: 8li1, A: Gly2, A: Cys4, A: Tyr5, A: 66g7, A: Ser8, B: 8li1, B: Hoh2012, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu C52 A:8li1 4.80 Cu S8 A:8li1 2.37 Cu C55 A:8li1 3.73 Cu C57 A:8li1 4.12 Cu N13 A:8li1 1.98 Cu C58 A:8li1 2.87 Cu C60 A:8li1 3.52 Cu C60 A:8li1 3.21 Cu O14 A:8li1 4.24 Cu C53 A:8li1 4.44 Cu C53 A:8li1 4.53 Cu O17 A:8li1 4.99 Cu C59 A:8li1 3.04 Cu C56 A:8li1 3.09 Cu N A:Gly2 4.37 Cu O A:Cys4 4.42 Cu SG A:Cys4 4.18 Cu C A:Cys4 4.50 Cu N A:Tyr5 4.39 Cu CB A:Tyr5 4.87 Cu CD2 A:Tyr5 4.90 Cu CA A:Tyr5 4.07 Cu N1 A:66g7 2.01 Cu N A:66g7 4.91 Cu S10 A:66g7 2.31 Cu O21 A:66g7 4.28 Cu C83 A:66g7 4.15 Cu C1 A:66g7 2.98 Cu C A:66g7 3.21 Cu CA1 A:66g7 2.79 Cu CA A:66g7 3.82 Cu N A:Ser8 4.32 Cu C58 B:8li1 4.91 Cu C59 B:8li1 4.96 Cu O B:Hoh2012 4.18 interactive model: Copper binding site 2 out of 8 in 2xji Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 2xji. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: 8li1, B: 8li1, B: Gly2, B: Cys4, B: Tyr5, B: 66g7, B: Ser8, B: Hoh2012, C: Hoh2001, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O18 A:8li1 4.93 Cu C57 A:8li1 4.58 Cu N13 A:8li1 4.77 Cu C58 A:8li1 4.53 Cu O14 A:8li1 4.80 Cu C59 A:8li1 4.85 Cu C56 A:8li1 4.87 Cu S8 B:8li1 2.45 Cu C55 B:8li1 3.65 Cu C57 B:8li1 4.12 Cu N13 B:8li1 1.96 Cu C58 B:8li1 2.88 Cu O14 B:8li1 4.18 Cu O17 B:8li1 3.23 Cu C59 B:8li1 3.06 Cu C56 B:8li1 3.04 Cu N B:Gly2 4.41 Cu O B:Cys4 4.37 Cu SG B:Cys4 4.36 Cu C B:Cys4 4.66 Cu N B:Tyr5 4.73 Cu CB B:Tyr5 4.97 Cu CD1 B:Tyr5 4.99 Cu CA B:Tyr5 4.41 Cu CA B:Tyr5 4.26 Cu N1 B:66g7 2.01 Cu N B:66g7 4.96 Cu S10 B:66g7 2.33 Cu O21 B:66g7 4.26 Cu C83 B:66g7 4.15 Cu C1 B:66g7 2.99 Cu C B:66g7 3.15 Cu CA1 B:66g7 2.81 Cu CA B:66g7 3.79 Cu C80 B:66g7 4.96 Cu N B:Ser8 4.32 Cu O B:Hoh2012 4.37 Cu O C:Hoh2001 3.88 interactive model: Copper binding site 3 out of 8 in 2xji Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 2xji. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: C: 8li1, C: Gly2, C: Cys4, C: Tyr5, C: 66g7, C: Ser8, D: 8li1, C: Cu10, C: Hoh2001, D: Hoh2015, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu S8 C:8li1 2.46 Cu S8 C:8li1 2.14 Cu C55 C:8li1 3.66 Cu C55 C:8li1 4.01 Cu C57 C:8li1 4.20 Cu C57 C:8li1 4.32 Cu N13 C:8li1 2.03 Cu N13 C:8li1 2.28 Cu C58 C:8li1 2.96 Cu C58 C:8li1 3.03 Cu O14 C:8li1 4.26 Cu O14 C:8li1 4.49 Cu O17 C:8li1 3.23 Cu O17 C:8li1 3.68 Cu C59 C:8li1 3.12 Cu C59 C:8li1 3.04 Cu C56 C:8li1 3.10 Cu C56 C:8li1 3.42 Cu N C:Gly2 4.47 Cu N C:Gly2 4.29 Cu O C:Cys4 4.49 Cu O C:Cys4 3.92 Cu SG C:Cys4 4.32 Cu SG C:Cys4 3.86 Cu C C:Cys4 4.67 Cu C C:Cys4 4.12 Cu CA C:Cys4 5.00 Cu N C:Tyr5 4.59 Cu N C:Tyr5 4.19 Cu CB C:Tyr5 4.90 Cu C C:Tyr5 4.84 Cu CA C:Tyr5 4.18 Cu CA C:Tyr5 4.06 Cu N1 C:66g7 2.01 Cu N1 C:66g7 1.96 Cu N C:66g7 4.98 Cu N C:66g7 4.75 Cu S10 C:66g7 2.28 Cu S10 C:66g7 2.33 Cu O26 C:66g7 4.96 Cu O21 C:66g7 4.24 Cu O21 C:66g7 4.20 Cu C83 C:66g7 4.14 Cu C83 C:66g7 3.95 Cu C1 C:66g7 2.97 Cu C1 C:66g7 2.85 Cu C C:66g7 3.18 Cu C C:66g7 3.07 Cu CA1 C:66g7 2.79 Cu CA1 C:66g7 2.60 Cu CA C:66g7 3.80 Cu CA C:66g7 3.80 Cu C80 C:66g7 4.94 Cu N C:Ser8 4.30 Cu N C:Ser8 4.16 Cu C57 D:8li1 4.70 Cu N13 D:8li1 4.93 Cu C58 D:8li1 4.61 Cu C59 D:8li1 4.82 Cu CU C:Cu10 0.00 Cu CU C:Cu10 0.53 Cu O C:Hoh2001 4.08 Cu O D:Hoh2015 4.35 interactive model: Copper binding site 4 out of 8 in 2xji Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 2xji. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: C: 8li1, C: Gly2, C: Cys4, C: Tyr5, C: 66g7, C: Ser8, D: 8li1, D: Gly2, C: Cu10, C: Hoh2001, D: Hoh2015, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu S8 C:8li1 2.80 Cu S8 C:8li1 2.40 Cu C55 C:8li1 3.16 Cu C55 C:8li1 3.50 Cu C57 C:8li1 3.94 Cu C57 C:8li1 3.99 Cu N13 C:8li1 1.71 Cu N13 C:8li1 1.86 Cu C58 C:8li1 2.80 Cu C58 C:8li1 2.78 Cu C60 C:8li1 4.66 Cu O14 C:8li1 3.87 Cu O14 C:8li1 4.06 Cu O17 C:8li1 2.76 Cu O17 C:8li1 3.21 Cu C59 C:8li1 3.19 Cu C59 C:8li1 3.01 Cu C56 C:8li1 2.66 Cu C56 C:8li1 2.94 Cu N C:Gly2 4.54 Cu N C:Gly2 4.30 Cu O C:Cys4 4.93 Cu O C:Cys4 4.36 Cu SG C:Cys4 4.84 Cu SG C:Cys4 4.38 Cu C C:Cys4 4.56 Cu N C:Tyr5 4.97 Cu N C:Tyr5 4.54 Cu CD1 C:Tyr5 4.93 Cu CA C:Tyr5 4.45 Cu CA C:Tyr5 4.27 Cu N1 C:66g7 2.25 Cu N1 C:66g7 2.07 Cu N C:66g7 4.88 Cu S10 C:66g7 2.46 Cu S10 C:66g7 2.39 Cu O21 C:66g7 4.47 Cu O21 C:66g7 4.40 Cu C83 C:66g7 4.43 Cu C83 C:66g7 4.21 Cu C1 C:66g7 3.27 Cu C1 C:66g7 3.08 Cu C C:66g7 3.35 Cu C C:66g7 3.17 Cu CA1 C:66g7 3.10 Cu CA1 C:66g7 2.84 Cu CA C:66g7 3.85 Cu CA C:66g7 3.79 Cu C80 C:66g7 4.88 Cu N C:Ser8 4.60 Cu N C:Ser8 4.42 Cu O18 D:8li1 4.66 Cu O18 D:8li1 4.85 Cu C57 D:8li1 4.32 Cu C57 D:8li1 4.61 Cu N13 D:8li1 4.62 Cu C58 D:8li1 4.33 Cu C58 D:8li1 4.74 Cu O14 D:8li1 4.58 Cu O14 D:8li1 4.79 Cu C59 D:8li1 4.67 Cu C56 D:8li1 4.73 Cu N D:Gly2 4.93 Cu CU C:Cu10 0.53 Cu CU C:Cu10 0.00 Cu O C:Hoh2001 3.80 Cu O D:Hoh2015 4.60 interactive model: Copper binding site 5 out of 8 in 2xji Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 5 of Copper in the PDB 2xji. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: C: 8li1, C: Gly2, D: 8li1, D: Gly2, D: Cys4, D: Tyr5, D: 66g7, D: Ser8, D: Cys9, F: 8li1, D: Cu10, D: Hoh2015, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu C57 C:8li1 4.94 Cu N13 C:8li1 4.99 Cu C58 C:8li1 4.82 Cu C58 C:8li1 4.61 Cu C59 C:8li1 4.90 Cu C59 C:8li1 4.51 Cu N C:Gly2 4.61 Cu S8 D:8li1 2.42 Cu S8 D:8li1 2.21 Cu C55 D:8li1 3.72 Cu C55 D:8li1 4.24 Cu C57 D:8li1 4.08 Cu C57 D:8li1 4.43 Cu N13 D:8li1 1.94 Cu N13 D:8li1 2.46 Cu C58 D:8li1 2.85 Cu C58 D:8li1 3.18 Cu C60 D:8li1 3.55 Cu C60 D:8li1 3.89 Cu O14 D:8li1 4.18 Cu O14 D:8li1 4.59 Cu C53 D:8li1 4.95 Cu O17 D:8li1 4.99 Cu C59 D:8li1 3.06 Cu C59 D:8li1 3.16 Cu C56 D:8li1 3.02 Cu C56 D:8li1 3.56 Cu N D:Gly2 4.40 Cu N D:Gly2 4.39 Cu O D:Cys4 4.42 Cu O D:Cys4 4.66 Cu SG D:Cys4 4.31 Cu SG D:Cys4 3.75 Cu C D:Cys4 4.54 Cu C D:Cys4 4.64 Cu N D:Tyr5 4.41 Cu N D:Tyr5 4.61 Cu CB D:Tyr5 4.83 Cu CD1 D:Tyr5 4.98 Cu C D:Tyr5 4.94 Cu CA D:Tyr5 4.02 Cu CA D:Tyr5 4.59 Cu N1 D:66g7 2.03 Cu N1 D:66g7 2.45 Cu N D:66g7 4.84 Cu S10 D:66g7 2.33 Cu S10 D:66g7 1.72 Cu O21 D:66g7 4.23 Cu O21 D:66g7 4.64 Cu C83 D:66g7 4.14 Cu C83 D:66g7 4.32 Cu C1 D:66g7 3.00 Cu C1 D:66g7 2.74 Cu C D:66g7 3.14 Cu C D:66g7 3.68 Cu CA1 D:66g7 2.79 Cu CA1 D:66g7 2.86 Cu CA D:66g7 3.79 Cu CA D:66g7 4.49 Cu N D:Ser8 4.32 Cu N D:Ser8 3.95 Cu CA D:Ser8 4.73 Cu N D:Cys9 4.85 Cu SG D:Cys9 4.80 Cu C54 F:8li1 4.74 Cu CU D:Cu10 0.00 Cu CU D:Cu10 1.04 Cu O D:Hoh2015 4.26 interactive model: Copper binding site 6 out of 8 in 2xji Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 6 of Copper in the PDB 2xji. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: C: 8li1, D: 8li1, D: Gly2, D: Cys4, D: Tyr5, D: 66g7, D: Ser8, F: 8li1, D: Cu10, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu C58 C:8li1 4.98 Cu O18 D:8li1 4.99 Cu C52 D:8li1 4.49 Cu C52 D:8li1 4.47 Cu C54 D:8li1 4.93 Cu S8 D:8li1 2.99 Cu S8 D:8li1 2.44 Cu C55 D:8li1 3.09 Cu C55 D:8li1 3.61 Cu C57 D:8li1 3.80 Cu C57 D:8li1 4.06 Cu N13 D:8li1 1.66 Cu N13 D:8li1 1.90 Cu C58 D:8li1 2.76 Cu C58 D:8li1 2.84 Cu C60 D:8li1 2.88 Cu C60 D:8li1 3.27 Cu O14 D:8li1 3.72 Cu O14 D:8li1 4.09 Cu C53 D:8li1 4.17 Cu C53 D:8li1 4.46 Cu O17 D:8li1 4.39 Cu O17 D:8li1 4.94 Cu C59 D:8li1 3.27 Cu C59 D:8li1 3.05 Cu C56 D:8li1 2.51 Cu C56 D:8li1 2.97 Cu N D:Gly2 4.59 Cu N D:Gly2 4.43 Cu O D:Cys4 4.50 Cu O D:Cys4 4.49 Cu SG D:Cys4 4.35 Cu C D:Cys4 4.68 Cu C D:Cys4 4.55 Cu N D:Tyr5 4.38 Cu N D:Tyr5 4.35 Cu CB D:Tyr5 4.34 Cu CB D:Tyr5 4.80 Cu CD1 D:Tyr5 4.14 Cu CD1 D:Tyr5 4.87 Cu C D:Tyr5 4.46 Cu C D:Tyr5 4.95 Cu CG D:Tyr5 4.55 Cu CA D:Tyr5 3.65 Cu CA D:Tyr5 4.02 Cu N1 D:66g7 1.95 Cu N1 D:66g7 1.95 Cu N D:66g7 4.22 Cu N D:66g7 4.85 Cu S10 D:66g7 3.19 Cu S10 D:66g7 2.40 Cu O21 D:66g7 4.02 Cu O21 D:66g7 4.22 Cu C83 D:66g7 4.23 Cu C83 D:66g7 4.16 Cu C1 D:66g7 3.63 Cu C1 D:66g7 3.12 Cu C D:66g7 2.73 Cu C D:66g7 3.02 Cu CA1 D:66g7 3.08 Cu CA1 D:66g7 2.81 Cu CA D:66g7 3.04 Cu CA D:66g7 3.62 Cu C80 D:66g7 4.21 Cu C80 D:66g7 4.81 Cu N D:Ser8 4.96 Cu N D:Ser8 4.43 Cu C54 F:8li1 4.70 Cu CU D:Cu10 1.04 Cu CU D:Cu10 0.00 interactive model: Copper binding site 7 out of 8 in 2xji Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 7 of Copper in the PDB 2xji. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: E: 8li1, E: Gly2, E: Cys4, E: Tyr5, E: 66g7, E: Ser8, F: 8li1, F: Hoh2015, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu S8 E:8li1 2.42 Cu C55 E:8li1 3.73 Cu C57 E:8li1 4.11 Cu N13 E:8li1 1.98 Cu C58 E:8li1 2.86 Cu C60 E:8li1 3.38 Cu O14 E:8li1 4.20 Cu C53 E:8li1 4.81 Cu C59 E:8li1 3.04 Cu C56 E:8li1 3.08 Cu N E:Gly2 4.37 Cu O E:Cys4 4.47 Cu SG E:Cys4 4.53 Cu C E:Cys4 4.65 Cu N E:Tyr5 4.56 Cu CB E:Tyr5 4.99 Cu CA E:Tyr5 4.21 Cu N1 E:66g7 2.03 Cu N E:66g7 4.96 Cu S10 E:66g7 2.35 Cu O21 E:66g7 4.29 Cu C83 E:66g7 4.14 Cu C1 E:66g7 2.98 Cu C E:66g7 3.21 Cu CA1 E:66g7 2.82 Cu CA E:66g7 3.86 Cu N E:Ser8 4.31 Cu C57 F:8li1 4.74 Cu N13 F:8li1 4.65 Cu C58 F:8li1 4.63 Cu O14 F:8li1 4.79 Cu C56 F:8li1 4.72 Cu O F:Hoh2015 4.39 interactive model: Copper binding site 8 out of 8 in 2xji Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 8 of Copper in the PDB 2xji. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: E: 8li1, F: 8li1, F: Gly2, F: Cys4, F: Tyr5, F: 66g7, F: Ser8, F: Hoh2015, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu C58 E:8li1 4.99 Cu C59 E:8li1 5.00 Cu C54 F:8li1 4.97 Cu S8 F:8li1 2.39 Cu C55 F:8li1 3.66 Cu C57 F:8li1 4.11 Cu N13 F:8li1 1.97 Cu C58 F:8li1 2.86 Cu C60 F:8li1 3.29 Cu O14 F:8li1 4.19 Cu C53 F:8li1 4.58 Cu O17 F:8li1 4.97 Cu C59 F:8li1 3.05 Cu C56 F:8li1 3.06 Cu N F:Gly2 4.37 Cu O F:Cys4 4.39 Cu SG F:Cys4 4.22 Cu C F:Cys4 4.60 Cu N F:Tyr5 4.57 Cu CB F:Tyr5 4.94 Cu CD2 F:Tyr5 4.50 Cu CA F:Tyr5 4.20 Cu N1 F:66g7 2.05 Cu N F:66g7 4.94 Cu S10 F:66g7 2.32 Cu O21 F:66g7 4.28 Cu C83 F:66g7 4.15 Cu C1 F:66g7 2.99 Cu C F:66g7 3.19 Cu CA1 F:66g7 2.81 Cu CA F:66g7 3.84 Cu N F:Ser8 4.30 Cu O F:Hoh2015 4.10 interactive model: