Copper in the structure of Crystal Structure of Holocota (pdb 2x88)

The binding sites of Copper atom in the structure of Crystal Structure of Holocota (pdb code 2x88). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 2x88 structure was solved by I.BENTO, C.S.SILVA, Z.CHEN, L.O.MARTINS, P.F.LINDLEY, C.M.SOARES, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 87.8-1.8 Space group P3121 a (A) 101.444 b (A) 101.444 c (A) 137.257 alpha (°) 90.00 beta (°) 90.00 gamma (°) 120.00 Rfactor (%) 18.879 Rfree (%) 20.584 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 5 in 2x88 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 2x88. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Leu386, A: Thr418, A: His419, A: Pro420, A: Cys492, A: Ile494, A: His497, A: Met502, A: Hoh2454, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu CD1 A:Leu386 4.65 Cu O A:Thr418 4.90 Cu NE2 A:His419 4.14 Cu CB A:His419 3.54 Cu ND1 A:His419 2.08 Cu CD2 A:His419 4.24 Cu CE1 A:His419 2.99 Cu CG A:His419 3.15 Cu CA A:His419 4.12 Cu CD A:Pro420 4.70 Cu CB A:Cys492 3.26 Cu SG A:Cys492 2.21 Cu CA A:Cys492 4.67 Cu N A:Ile494 4.98 Cu CB A:Ile494 4.12 Cu CD1 A:Ile494 3.82 Cu CG2 A:Ile494 4.90 Cu CG1 A:Ile494 4.38 Cu NE2 A:His497 4.16 Cu CB A:His497 3.40 Cu ND1 A:His497 2.07 Cu CD2 A:His497 4.20 Cu CE1 A:His497 3.03 Cu CG A:His497 3.07 Cu CA A:His497 4.93 Cu CE A:Met502 3.96 Cu CG A:Met502 4.85 Cu SD A:Met502 3.31 Cu O A:Hoh2454 4.67 interactive model: Copper binding site 2 out of 5 in 2x88 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 2x88. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His105, A: His107, A: Trp151, A: His153, A: Ala297, A: His422, A: His493, A: Cu1514, A: Cu1515, A: Oxy1516, A: Hoh2525, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His105 4.60 Cu CD2 A:His105 4.08 Cu NE2 A:His107 4.10 Cu CB A:His107 3.49 Cu ND1 A:His107 2.04 Cu CD2 A:His107 4.19 Cu CE1 A:His107 2.95 Cu CG A:His107 3.10 Cu CA A:His107 4.62 Cu CZ2 A:Trp151 3.81 Cu CE2 A:Trp151 4.15 Cu NE1 A:Trp151 4.28 Cu CH2 A:Trp151 4.52 Cu NE2 A:His153 2.08 Cu ND1 A:His153 4.13 Cu CD2 A:His153 3.11 Cu CE1 A:His153 3.00 Cu CG A:His153 4.21 Cu CB A:Ala297 4.43 Cu NE2 A:His422 4.67 Cu CD2 A:His422 4.60 Cu NE2 A:His493 2.14 Cu ND1 A:His493 4.21 Cu CD2 A:His493 3.13 Cu CE1 A:His493 3.10 Cu CG A:His493 4.26 Cu CU A:Cu1514 4.83 Cu CU A:Cu1515 4.13 Cu O1 A:Oxy1516 2.76 Cu O2 A:Oxy1516 2.48 Cu O A:Hoh2525 4.16 interactive model: Copper binding site 3 out of 5 in 2x88 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 2x88. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His105, A: His155, A: His422, A: His424, A: Val489, A: His491, A: Glu498, A: Cu1513, A: Cu1515, A: Oxy1516, A: Hoh2169, A: Hoh2525, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His105 4.23 Cu CD2 A:His105 4.13 Cu CE1 A:His105 4.96 Cu CG A:His105 4.84 Cu NE2 A:His155 2.11 Cu ND1 A:His155 4.22 Cu CD2 A:His155 3.05 Cu CE1 A:His155 3.13 Cu CG A:His155 4.22 Cu NE2 A:His422 4.41 Cu CD2 A:His422 3.86 Cu NE2 A:His424 2.03 Cu ND1 A:His424 4.10 Cu CD2 A:His424 3.09 Cu CE1 A:His424 2.95 Cu CG A:His424 4.19 Cu CG2 A:Val489 4.06 Cu NE2 A:His491 2.05 Cu ND1 A:His491 4.11 Cu CD2 A:His491 2.96 Cu CE1 A:His491 3.06 Cu CG A:His491 4.10 Cu OE2 A:Glu498 4.59 Cu CU A:Cu1513 4.83 Cu CU A:Cu1515 3.80 Cu O1 A:Oxy1516 2.27 Cu O2 A:Oxy1516 2.45 Cu O A:Hoh2169 4.53 Cu O A:Hoh2525 3.80 interactive model: Copper binding site 4 out of 5 in 2x88 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 2x88. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His105, A: Leu106, A: His107, A: Gly108, A: His422, A: Leu423, A: His424, A: Cu1513, A: Cu1514, A: Oxy1516, A: Hoh2151, A: Hoh2167, A: Hoh2458, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His105 2.00 Cu ND1 A:His105 4.07 Cu CD2 A:His105 2.94 Cu CE1 A:His105 3.00 Cu CG A:His105 4.08 Cu O A:Leu106 4.90 Cu NE2 A:His107 4.28 Cu N A:His107 4.78 Cu CB A:His107 4.10 Cu ND1 A:His107 3.49 Cu CD2 A:His107 4.18 Cu C A:His107 4.60 Cu CE1 A:His107 3.89 Cu CG A:His107 3.69 Cu CA A:His107 3.83 Cu N A:Gly108 4.27 Cu NE2 A:His422 1.99 Cu ND1 A:His422 4.10 Cu CD2 A:His422 2.86 Cu CE1 A:His422 3.06 Cu CG A:His422 4.05 Cu O A:Leu423 4.99 Cu NE2 A:His424 3.21 Cu CB A:His424 4.71 Cu ND1 A:His424 4.08 Cu CD2 A:His424 3.23 Cu CE1 A:His424 3.76 Cu CG A:His424 3.81 Cu CA A:His424 4.54 Cu CU A:Cu1513 4.13 Cu CU A:Cu1514 3.80 Cu O1 A:Oxy1516 3.83 Cu O2 A:Oxy1516 2.68 Cu O A:Hoh2151 2.90 Cu O A:Hoh2167 4.83 Cu O A:Hoh2458 4.90 interactive model: Copper binding site 5 out of 5 in 2x88 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 5 of Copper in the PDB 2x88. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Ile84, A: His86, A: His89, A: Lys101, A: Hoh2132, A: Hoh2140, A: Hoh2144, A: Hoh2224, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu CG2 A:Ile84 4.78 Cu O A:His86 4.73 Cu NE2 A:His86 4.05 Cu NE2 A:His86 4.41 Cu CB A:His86 4.13 Cu CB A:His86 4.34 Cu ND1 A:His86 2.25 Cu CD2 A:His86 4.40 Cu CD2 A:His86 3.44 Cu C A:His86 4.97 Cu CE1 A:His86 2.80 Cu CG A:His86 3.49 Cu CG A:His86 4.15 Cu CA A:His86 4.18 Cu CA A:His86 4.20 Cu O A:His89 4.65 Cu NE2 A:His89 1.59 Cu ND1 A:His89 3.48 Cu CD2 A:His89 2.67 Cu CE1 A:His89 2.39 Cu CG A:His89 3.63 Cu NZ A:Lys101 4.32 Cu O A:Hoh2132 2.27 Cu O A:Hoh2140 3.56 Cu O A:Hoh2144 2.75 Cu O A:Hoh2224 4.27 interactive model: