Copper in the structure of Near-Atomic Resolution Structure of A Melanocarpus Albomyces Laccase (pdb 2q9o)

The binding sites of Copper atom in the structure of Near-Atomic Resolution Structure of A Melanocarpus Albomyces Laccase (pdb code 2q9o). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 2q9o structure was solved by N.HAKULINEN, J.ROUVINEN, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 15.0-1.3 Space group C121 a (A) 173.740 b (A) 61.900 c (A) 124.210 alpha (°) 90.00 beta (°) 96.36 gamma (°) 90.00 Rfactor (%) 16.7 Rfree (%) 21.2 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 8 in 2q9o Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 2q9o. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Pro430, A: His431, A: Pro432, A: Cys503, A: Ile505, A: His508, A: Leu513, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O A:Pro430 4.39 Cu NE2 A:His431 4.01 Cu N A:His431 4.92 Cu CB A:His431 3.37 Cu ND1 A:His431 1.94 Cu CD2 A:His431 4.08 Cu C A:His431 4.82 Cu CE1 A:His431 2.89 Cu CG A:His431 2.98 Cu CA A:His431 3.87 Cu N A:Pro432 4.91 Cu CD A:Pro432 4.36 Cu CB A:Cys503 3.21 Cu SG A:Cys503 2.18 Cu CA A:Cys503 4.57 Cu N A:Ile505 4.88 Cu CB A:Ile505 4.14 Cu CD1 A:Ile505 3.59 Cu CG2 A:Ile505 4.95 Cu CG1 A:Ile505 4.28 Cu NE2 A:His508 4.10 Cu CB A:His508 3.30 Cu ND1 A:His508 2.02 Cu CD2 A:His508 4.14 Cu CE1 A:His508 3.00 Cu CG A:His508 3.00 Cu CA A:His508 4.83 Cu CD1 A:Leu513 3.64 Cu CG A:Leu513 4.93 interactive model: Copper binding site 2 out of 8 in 2q9o Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 2q9o. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His93, A: His138, A: His140, A: His434, A: His436, A: Leu500, A: His502, A: His504, A: Cu2003, A: Cu2004, A: Oxy4006, A: Hoh4289, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His93 4.14 Cu CD2 A:His93 4.05 Cu CE1 A:His93 4.86 Cu CG A:His93 4.74 Cu CE1 A:His138 4.65 Cu NE2 A:His140 2.04 Cu ND1 A:His140 4.12 Cu CD2 A:His140 3.12 Cu CE1 A:His140 2.97 Cu CG A:His140 4.24 Cu NE2 A:His434 4.38 Cu CD2 A:His434 3.95 Cu NE2 A:His436 1.95 Cu ND1 A:His436 3.98 Cu CD2 A:His436 3.08 Cu CE1 A:His436 2.81 Cu CG A:His436 4.13 Cu CB A:Leu500 4.70 Cu CD1 A:Leu500 4.35 Cu NE2 A:His502 2.01 Cu ND1 A:His502 4.08 Cu CD2 A:His502 3.01 Cu CE1 A:His502 2.96 Cu CG A:His502 4.12 Cu NE2 A:His504 4.92 Cu CU A:Cu2003 4.67 Cu CU A:Cu2004 3.98 Cu O1 A:Oxy4006 2.04 Cu O2 A:Oxy4006 2.49 Cu O A:Hoh4289 4.25 interactive model: Copper binding site 3 out of 8 in 2q9o Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 2q9o. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His93, A: His95, A: Trp136, A: His138, A: His434, A: His504, A: Cu2002, A: Cu2004, A: Oxy4006, A: Hoh4059, A: Hoh4289, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His93 4.41 Cu CD2 A:His93 4.00 Cu NE2 A:His95 4.06 Cu CB A:His95 3.41 Cu ND1 A:His95 2.00 Cu CD2 A:His95 4.10 Cu CE1 A:His95 2.90 Cu CG A:His95 3.06 Cu CA A:His95 4.64 Cu CD2 A:Trp136 4.92 Cu CZ2 A:Trp136 3.57 Cu CE2 A:Trp136 4.01 Cu NE1 A:Trp136 4.29 Cu CH2 A:Trp136 4.17 Cu NE2 A:His138 2.00 Cu ND1 A:His138 4.06 Cu CD2 A:His138 2.98 Cu CE1 A:His138 2.95 Cu CG A:His138 4.10 Cu NE2 A:His434 4.18 Cu CD2 A:His434 4.27 Cu CE1 A:His434 4.90 Cu NE2 A:His504 2.05 Cu ND1 A:His504 4.19 Cu CD2 A:His504 3.10 Cu CE1 A:His504 3.03 Cu CG A:His504 4.22 Cu CU A:Cu2002 4.67 Cu CU A:Cu2004 3.97 Cu O1 A:Oxy4006 2.65 Cu O2 A:Oxy4006 2.51 Cu O A:Hoh4059 4.97 Cu O A:Hoh4289 4.62 interactive model: Copper binding site 4 out of 8 in 2q9o Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 2q9o. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His93, A: Trp94, A: His95, A: Gly96, A: His434, A: Leu435, A: His436, A: Cu2002, A: Cu2003, A: Cl2010, A: Oxy4006, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His93 1.89 Cu ND1 A:His93 3.98 Cu CD2 A:His93 2.94 Cu CE1 A:His93 2.85 Cu CG A:His93 4.04 Cu O A:Trp94 4.92 Cu NE2 A:His95 4.64 Cu N A:His95 4.77 Cu CB A:His95 3.92 Cu ND1 A:His95 3.62 Cu CD2 A:His95 4.38 Cu C A:His95 4.68 Cu CE1 A:His95 4.21 Cu CG A:His95 3.75 Cu CA A:His95 3.81 Cu N A:Gly96 4.49 Cu NE2 A:His434 1.90 Cu ND1 A:His434 3.99 Cu CD2 A:His434 2.95 Cu CE1 A:His434 2.84 Cu CG A:His434 4.05 Cu O A:Leu435 4.80 Cu NE2 A:His436 3.37 Cu N A:His436 4.82 Cu CB A:His436 4.57 Cu ND1 A:His436 4.07 Cu CD2 A:His436 3.27 Cu CE1 A:His436 3.89 Cu CG A:His436 3.74 Cu CA A:His436 4.48 Cu CU A:Cu2002 3.98 Cu CU A:Cu2003 3.97 Cu CL A:Cl2010 2.51 Cu O1 A:Oxy4006 3.41 Cu O2 A:Oxy4006 2.33 interactive model: Copper binding site 5 out of 8 in 2q9o Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 5 of Copper in the PDB 2q9o. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: Pro430, B: His431, B: Pro432, B: Cys503, B: Ile505, B: His508, B: Leu513, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O B:Pro430 4.36 Cu NE2 B:His431 4.07 Cu N B:His431 4.90 Cu CB B:His431 3.43 Cu ND1 B:His431 2.00 Cu CD2 B:His431 4.13 Cu C B:His431 4.82 Cu CE1 B:His431 2.90 Cu CG B:His431 3.03 Cu CA B:His431 3.88 Cu N B:Pro432 4.90 Cu CD B:Pro432 4.32 Cu CB B:Cys503 3.23 Cu SG B:Cys503 2.15 Cu CA B:Cys503 4.61 Cu N B:Ile505 4.84 Cu CB B:Ile505 4.09 Cu CD1 B:Ile505 3.61 Cu CG2 B:Ile505 4.92 Cu CG1 B:Ile505 4.21 Cu NE2 B:His508 4.13 Cu CB B:His508 3.28 Cu ND1 B:His508 2.00 Cu CD2 B:His508 4.14 Cu CE1 B:His508 3.03 Cu CG B:His508 2.97 Cu CA B:His508 4.81 Cu CD1 B:Leu513 3.75 interactive model: Copper binding site 6 out of 8 in 2q9o Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 6 of Copper in the PDB 2q9o. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His93, B: His138, B: His140, B: His434, B: His436, B: Leu500, B: His502, B: His504, B: Cu2003, B: Cu2004, B: Oxy4005, B: Hoh4223, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His93 4.16 Cu CD2 B:His93 4.03 Cu CE1 B:His93 4.92 Cu CG B:His93 4.76 Cu CE1 B:His138 4.64 Cu NE2 B:His140 2.08 Cu ND1 B:His140 4.10 Cu CD2 B:His140 3.19 Cu CE1 B:His140 2.95 Cu CG B:His140 4.25 Cu NE2 B:His434 4.46 Cu CD2 B:His434 3.97 Cu NE2 B:His436 1.95 Cu ND1 B:His436 4.00 Cu CD2 B:His436 3.08 Cu CE1 B:His436 2.81 Cu CG B:His436 4.16 Cu CB B:Leu500 4.64 Cu CD1 B:Leu500 4.40 Cu NE2 B:His502 2.01 Cu ND1 B:His502 4.13 Cu CD2 B:His502 2.96 Cu CE1 B:His502 3.05 Cu CG B:His502 4.12 Cu NE2 B:His504 4.87 Cu CU B:Cu2003 4.67 Cu CU B:Cu2004 3.98 Cu O1 B:Oxy4005 2.22 Cu O2 B:Oxy4005 2.27 Cu O B:Hoh4223 4.22 interactive model: Copper binding site 7 out of 8 in 2q9o Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 7 of Copper in the PDB 2q9o. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His93, B: His95, B: Trp136, B: His138, B: His434, B: His504, B: Cu2002, B: Cu2004, B: Oxy4005, B: Hoh4098, B: Hoh4223, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His93 4.45 Cu CD2 B:His93 3.99 Cu NE2 B:His95 4.07 Cu CB B:His95 3.44 Cu ND1 B:His95 1.96 Cu CD2 B:His95 4.11 Cu CE1 B:His95 2.87 Cu CG B:His95 3.07 Cu CA B:His95 4.65 Cu CD2 B:Trp136 4.97 Cu CZ2 B:Trp136 3.62 Cu CE2 B:Trp136 4.05 Cu NE1 B:Trp136 4.34 Cu CH2 B:Trp136 4.22 Cu NE2 B:His138 1.97 Cu ND1 B:His138 4.03 Cu CD2 B:His138 2.94 Cu CE1 B:His138 2.93 Cu CG B:His138 4.08 Cu NE2 B:His434 4.23 Cu CD2 B:His434 4.21 Cu NE2 B:His504 2.03 Cu ND1 B:His504 4.12 Cu CD2 B:His504 3.11 Cu CE1 B:His504 2.96 Cu CG B:His504 4.18 Cu CU B:Cu2002 4.67 Cu CU B:Cu2004 3.95 Cu O1 B:Oxy4005 2.57 Cu O2 B:Oxy4005 2.54 Cu O B:Hoh4098 4.95 Cu O B:Hoh4223 4.63 interactive model: Copper binding site 8 out of 8 in 2q9o Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 8 of Copper in the PDB 2q9o. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His93, B: Trp94, B: His95, B: Gly96, B: His434, B: Leu435, B: His436, B: Cu2002, B: Cu2003, B: Cl2010, B: Oxy4005, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His93 1.94 Cu ND1 B:His93 4.05 Cu CD2 B:His93 2.93 Cu CE1 B:His93 2.93 Cu CG B:His93 4.05 Cu O B:Trp94 4.93 Cu NE2 B:His95 4.55 Cu N B:His95 4.74 Cu CB B:His95 3.93 Cu ND1 B:His95 3.63 Cu CD2 B:His95 4.29 Cu C B:His95 4.67 Cu CE1 B:His95 4.17 Cu CG B:His95 3.70 Cu CA B:His95 3.79 Cu N B:Gly96 4.46 Cu NE2 B:His434 1.94 Cu ND1 B:His434 4.07 Cu CD2 B:His434 2.93 Cu CE1 B:His434 2.95 Cu CG B:His434 4.07 Cu O B:Leu435 4.88 Cu NE2 B:His436 3.36 Cu N B:His436 4.84 Cu CB B:His436 4.62 Cu ND1 B:His436 4.10 Cu CD2 B:His436 3.29 Cu CE1 B:His436 3.88 Cu CG B:His436 3.79 Cu CA B:His436 4.54 Cu CU B:Cu2002 3.98 Cu CU B:Cu2003 3.95 Cu CL B:Cl2010 2.53 Cu O1 B:Oxy4005 3.76 Cu O2 B:Oxy4005 2.66 interactive model: