Copper in the structure of Ceruloplasmin Revisited: Structural and Functional Roles of Various Metal Cation Binding Sites (pdb 2j5w)

The binding sites of Copper atom in the structure of Ceruloplasmin Revisited: Structural and Functional Roles of Various Metal Cation Binding Sites (pdb code 2j5w). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 2j5w structure was solved by I.BENTO, C.PEIXOTO, V.N.ZAITSEV, P.F.LINDLEY, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 68.5-2.8 Space group P3221 a (A) 209.140 b (A) 209.139 c (A) 82.752 alpha (°) 90.00 beta (°) 90.00 gamma (°) 120.00 Rfactor (%) 17.5 Rfree (%) 22.6 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 7 in 2j5w Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 2j5w. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Phe202, A: Val275, A: His276, A: Ala277, A: Cys319, A: Asn321, A: His324, A: Leu329, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu CD2 A:Phe202 4.62 Cu O A:Val275 3.89 Cu C A:Val275 4.35 Cu NE2 A:His276 4.01 Cu N A:His276 4.21 Cu CB A:His276 3.41 Cu ND1 A:His276 2.02 Cu CD2 A:His276 4.08 Cu C A:His276 4.41 Cu CE1 A:His276 2.91 Cu CG A:His276 3.02 Cu CA A:His276 3.39 Cu N A:Ala277 4.27 Cu CB A:Cys319 3.13 Cu SG A:Cys319 1.94 Cu CA A:Cys319 4.49 Cu CB A:Asn321 4.04 Cu ND2 A:Asn321 4.64 Cu CG A:Asn321 4.74 Cu NE2 A:His324 3.96 Cu CB A:His324 3.28 Cu ND1 A:His324 1.88 Cu CD2 A:His324 4.00 Cu CE1 A:His324 2.85 Cu CG A:His324 2.90 Cu CA A:His324 4.81 Cu CD1 A:Leu329 3.52 Cu CG A:Leu329 4.74 interactive model: Copper binding site 2 out of 7 in 2j5w Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 2j5w. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His101, A: His163, A: His978, A: His980, A: Leu1018, A: His1020, A: Cu3048, A: Cu3049, A: Oxy3054, A: Hoh2090, A: Hoh2325, A: Hoh2338, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His101 4.45 Cu CD2 A:His101 4.69 Cu NE2 A:His163 2.14 Cu ND1 A:His163 4.26 Cu CD2 A:His163 2.99 Cu CE1 A:His163 3.21 Cu CG A:His163 4.19 Cu NE2 A:His978 4.59 Cu CD2 A:His978 4.07 Cu NE2 A:His980 1.97 Cu ND1 A:His980 3.99 Cu CD2 A:His980 3.10 Cu CE1 A:His980 2.82 Cu CG A:His980 4.16 Cu CD2 A:Leu1018 3.88 Cu CG A:Leu1018 4.89 Cu NE2 A:His1020 2.02 Cu ND1 A:His1020 4.03 Cu CD2 A:His1020 3.02 Cu CE1 A:His1020 2.93 Cu CG A:His1020 4.10 Cu CU A:Cu3048 4.97 Cu CU A:Cu3049 4.02 Cu O1 A:Oxy3054 2.64 Cu O2 A:Oxy3054 2.77 Cu O A:Hoh2090 3.93 Cu O A:Hoh2325 4.75 Cu O A:Hoh2338 2.59 interactive model: Copper binding site 3 out of 7 in 2j5w Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 2j5w. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His101, A: His103, A: Ile159, A: His161, A: His978, A: His1022, A: Cu3047, A: Cu3049, A: Oxy3054, A: Hoh2325, A: Hoh2338, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His101 4.73 Cu CD2 A:His101 4.40 Cu NE2 A:His103 1.90 Cu ND1 A:His103 3.87 Cu CD2 A:His103 3.02 Cu CE1 A:His103 2.71 Cu CG A:His103 4.05 Cu CD1 A:Ile159 4.25 Cu CG1 A:Ile159 4.69 Cu NE2 A:His161 2.09 Cu ND1 A:His161 4.18 Cu CD2 A:His161 3.04 Cu CE1 A:His161 3.09 Cu CG A:His161 4.19 Cu NE2 A:His978 4.39 Cu CD2 A:His978 4.32 Cu NE2 A:His1022 2.20 Cu ND1 A:His1022 4.30 Cu CD2 A:His1022 3.15 Cu CE1 A:His1022 3.20 Cu CG A:His1022 4.32 Cu CU A:Cu3047 4.97 Cu CU A:Cu3049 4.09 Cu O1 A:Oxy3054 2.36 Cu O2 A:Oxy3054 2.58 Cu O A:Hoh2325 4.83 Cu O A:Hoh2338 4.23 interactive model: Copper binding site 4 out of 7 in 2j5w Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 2j5w. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His101, A: Ser102, A: His103, A: Tyr107, A: His163, A: His978, A: His980, A: Cu3047, A: Cu3048, A: O3050, A: Oxy3054, A: Hoh2337, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His101 1.87 Cu ND1 A:His101 3.94 Cu CD2 A:His101 2.91 Cu CE1 A:His101 2.82 Cu CG A:His101 4.01 Cu O A:Ser102 4.58 Cu NE2 A:His103 3.33 Cu ND1 A:His103 4.26 Cu CD2 A:His103 3.59 Cu CE1 A:His103 3.79 Cu CG A:His103 4.17 Cu OH A:Tyr107 4.61 Cu CD2 A:His163 4.91 Cu NE2 A:His978 2.00 Cu ND1 A:His978 4.12 Cu CD2 A:His978 2.93 Cu CE1 A:His978 3.05 Cu CG A:His978 4.10 Cu NE2 A:His980 3.31 Cu N A:His980 4.96 Cu CB A:His980 4.70 Cu ND1 A:His980 3.86 Cu CD2 A:His980 3.44 Cu CE1 A:His980 3.59 Cu CG A:His980 3.79 Cu CA A:His980 4.54 Cu CU A:Cu3047 4.02 Cu CU A:Cu3048 4.09 Cu O A:O3050 2.05 Cu O1 A:Oxy3054 3.34 Cu O2 A:Oxy3054 2.25 Cu O A:Hoh2337 2.98 interactive model: Copper binding site 5 out of 7 in 2j5w Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 5 of Copper in the PDB 2j5w. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Val636, A: His637, A: Gly638, A: Cys680, A: Thr682, A: His685, A: Met690, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O A:Val636 3.83 Cu C A:Val636 4.39 Cu NE2 A:His637 4.12 Cu N A:His637 4.36 Cu CB A:His637 3.50 Cu ND1 A:His637 2.08 Cu CD2 A:His637 4.20 Cu C A:His637 4.64 Cu CE1 A:His637 2.98 Cu CG A:His637 3.12 Cu CA A:His637 3.55 Cu N A:Gly638 4.59 Cu CB A:Cys680 3.21 Cu SG A:Cys680 2.06 Cu CA A:Cys680 4.58 Cu CB A:Thr682 4.09 Cu CG2 A:Thr682 4.94 Cu OG1 A:Thr682 4.10 Cu NE2 A:His685 4.08 Cu CB A:His685 3.37 Cu ND1 A:His685 2.01 Cu CD2 A:His685 4.13 Cu CE1 A:His685 2.96 Cu CG A:His685 3.02 Cu CA A:His685 4.90 Cu CB A:Met690 4.92 Cu CE A:Met690 3.80 Cu CG A:Met690 4.42 Cu SD A:Met690 2.89 interactive model: Copper binding site 6 out of 7 in 2j5w Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 6 of Copper in the PDB 2j5w. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Leu974, A: His975, A: Thr976, A: Cys1021, A: Val1023, A: His1026, A: Met1031, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O A:Leu974 3.45 Cu C A:Leu974 4.09 Cu NE2 A:His975 4.05 Cu N A:His975 4.11 Cu CB A:His975 3.36 Cu ND1 A:His975 1.97 Cu CD2 A:His975 4.11 Cu C A:His975 4.47 Cu CE1 A:His975 2.93 Cu CG A:His975 3.00 Cu CA A:His975 3.34 Cu N A:Thr976 4.48 Cu CB A:Cys1021 3.20 Cu SG A:Cys1021 2.14 Cu CA A:Cys1021 4.60 Cu CB A:Val1023 4.26 Cu CG2 A:Val1023 3.88 Cu NE2 A:His1026 4.07 Cu CB A:His1026 3.48 Cu ND1 A:His1026 2.02 Cu CD2 A:His1026 4.16 Cu CE1 A:His1026 2.92 Cu CG A:His1026 3.08 Cu CE A:Met1031 4.40 Cu CG A:Met1031 4.76 Cu SD A:Met1031 3.32 interactive model: Copper binding site 7 out of 7 in 2j5w Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 7 of Copper in the PDB 2j5w. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Glu272, A: Glu935, A: His940, A: Asp1025, A: His1026, A: Ala1029, A: Hoh2295, A: Hoh2296, A: Hoh2326, A: Hoh2327, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu OE1 A:Glu272 4.38 Cu OE2 A:Glu272 3.37 Cu CD A:Glu272 4.22 Cu OE1 A:Glu935 4.84 Cu OE2 A:Glu935 4.06 Cu CD A:Glu935 4.88 Cu NE2 A:His940 2.26 Cu ND1 A:His940 4.28 Cu CD2 A:His940 3.31 Cu CE1 A:His940 3.14 Cu CG A:His940 4.40 Cu O A:Asp1025 4.68 Cu CB A:Asp1025 4.50 Cu OD2 A:Asp1025 3.64 Cu C A:Asp1025 4.89 Cu OD1 A:Asp1025 2.31 Cu CG A:Asp1025 3.27 Cu NE2 A:His1026 4.61 Cu CD2 A:His1026 4.22 Cu CB A:Ala1029 4.98 Cu O A:Hoh2295 2.41 Cu O A:Hoh2296 2.43 Cu O A:Hoh2326 4.51 Cu O A:Hoh2327 2.24 interactive model: