Copper in the structure of A High-Dose Crystal Structure of A Recombinant Melanocarbus Albomyces Laccase (pdb 2ih9)

The binding sites of Copper atom in the structure of A High-Dose Crystal Structure of A Recombinant Melanocarbus Albomyces Laccase (pdb code 2ih9). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 2ih9 structure was solved by N.HAKULINEN, J.ROUVINEN, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 25.0-2.0 Space group C121 a (A) 174.490 b (A) 62.330 c (A) 125.100 alpha (°) 90.00 beta (°) 96.25 gamma (°) 90.00 Rfactor (%) 26.3 Rfree (%) 29.9 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 8 in 2ih9 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 2ih9. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Pro430, A: His431, A: Pro432, A: Cys503, A: Ile505, A: His508, A: Leu513, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O A:Pro430 4.33 Cu NE2 A:His431 3.97 Cu N A:His431 4.87 Cu CB A:His431 3.46 Cu ND1 A:His431 1.94 Cu CD2 A:His431 4.07 Cu C A:His431 4.90 Cu CE1 A:His431 2.84 Cu CG A:His431 3.01 Cu CA A:His431 3.91 Cu N A:Pro432 4.95 Cu CD A:Pro432 4.48 Cu CB A:Cys503 3.36 Cu SG A:Cys503 2.16 Cu CA A:Cys503 4.71 Cu N A:Ile505 4.96 Cu CB A:Ile505 4.07 Cu CD1 A:Ile505 3.82 Cu CG2 A:Ile505 4.93 Cu CG1 A:Ile505 4.24 Cu NE2 A:His508 4.00 Cu CB A:His508 3.27 Cu ND1 A:His508 1.91 Cu CD2 A:His508 4.03 Cu CE1 A:His508 2.90 Cu CG A:His508 2.91 Cu CA A:His508 4.79 Cu CD1 A:Leu513 3.85 interactive model: Copper binding site 2 out of 8 in 2ih9 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 2ih9. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His93, A: His138, A: His140, A: His434, A: His436, A: Leu500, A: His502, A: Cu603, A: Cu604, A: Hoh1160, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His93 4.23 Cu CD2 A:His93 4.05 Cu CG A:His93 4.81 Cu CE1 A:His138 4.81 Cu NE2 A:His140 1.98 Cu ND1 A:His140 4.00 Cu CD2 A:His140 3.11 Cu CE1 A:His140 2.82 Cu CG A:His140 4.17 Cu NE2 A:His434 4.59 Cu CD2 A:His434 4.09 Cu NE2 A:His436 1.91 Cu ND1 A:His436 3.85 Cu CD2 A:His436 3.11 Cu CE1 A:His436 2.64 Cu CG A:His436 4.10 Cu CB A:Leu500 4.76 Cu CD1 A:Leu500 4.55 Cu NE2 A:His502 1.92 Cu ND1 A:His502 3.92 Cu CD2 A:His502 3.00 Cu CE1 A:His502 2.78 Cu CG A:His502 4.05 Cu CU A:Cu603 4.86 Cu CU A:Cu604 4.07 Cu O A:Hoh1160 2.60 interactive model: Copper binding site 3 out of 8 in 2ih9 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 2ih9. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His93, A: His95, A: Trp136, A: His138, A: His434, A: His504, A: Cu602, A: Cu604, A: Hoh1160, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His93 4.47 Cu CD2 A:His93 3.97 Cu NE2 A:His95 4.00 Cu CB A:His95 3.44 Cu ND1 A:His95 1.95 Cu CD2 A:His95 4.09 Cu CE1 A:His95 2.85 Cu CG A:His95 3.02 Cu CA A:His95 4.68 Cu CZ2 A:Trp136 3.72 Cu CE2 A:Trp136 4.14 Cu NE1 A:Trp136 4.42 Cu CH2 A:Trp136 4.29 Cu NE2 A:His138 1.94 Cu ND1 A:His138 4.00 Cu CD2 A:His138 2.92 Cu CE1 A:His138 2.92 Cu CG A:His138 4.04 Cu NE2 A:His434 4.38 Cu CD2 A:His434 4.31 Cu NE2 A:His504 1.99 Cu ND1 A:His504 4.02 Cu CD2 A:His504 3.09 Cu CE1 A:His504 2.86 Cu CG A:His504 4.17 Cu CU A:Cu602 4.86 Cu CU A:Cu604 3.94 Cu O A:Hoh1160 2.32 interactive model: Copper binding site 4 out of 8 in 2ih9 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 2ih9. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His93, A: His95, A: Gly96, A: His138, A: His434, A: Leu435, A: His436, A: Cu602, A: Cu603, A: Cl610, A: Hoh1160, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His93 1.89 Cu ND1 A:His93 4.00 Cu CD2 A:His93 2.83 Cu CE1 A:His93 2.93 Cu CG A:His93 3.99 Cu NE2 A:His95 4.56 Cu N A:His95 4.62 Cu CB A:His95 3.93 Cu ND1 A:His95 3.76 Cu CD2 A:His95 4.21 Cu C A:His95 4.79 Cu CE1 A:His95 4.31 Cu CG A:His95 3.68 Cu CA A:His95 3.80 Cu N A:Gly96 4.66 Cu NE2 A:His138 4.96 Cu NE2 A:His434 1.91 Cu ND1 A:His434 4.00 Cu CD2 A:His434 2.85 Cu CE1 A:His434 2.93 Cu CG A:His434 4.00 Cu O A:Leu435 4.89 Cu NE2 A:His436 3.20 Cu N A:His436 4.94 Cu CB A:His436 4.65 Cu ND1 A:His436 4.10 Cu CD2 A:His436 3.12 Cu CE1 A:His436 3.82 Cu CG A:His436 3.73 Cu CA A:His436 4.54 Cu CU A:Cu602 4.07 Cu CU A:Cu603 3.94 Cu CL A:Cl610 2.93 Cu O A:Hoh1160 3.52 interactive model: Copper binding site 5 out of 8 in 2ih9 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 5 of Copper in the PDB 2ih9. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: Pro430, B: His431, B: Pro432, B: Cys503, B: Ile505, B: His508, B: Leu513, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O B:Pro430 4.49 Cu NE2 B:His431 3.96 Cu N B:His431 4.90 Cu CB B:His431 3.37 Cu ND1 B:His431 1.92 Cu CD2 B:His431 4.03 Cu C B:His431 4.87 Cu CE1 B:His431 2.85 Cu CG B:His431 2.95 Cu CA B:His431 3.91 Cu N B:Pro432 4.90 Cu CD B:Pro432 4.42 Cu CB B:Cys503 3.33 Cu SG B:Cys503 2.16 Cu CA B:Cys503 4.70 Cu N B:Ile505 4.99 Cu CB B:Ile505 4.16 Cu CD1 B:Ile505 4.02 Cu CG2 B:Ile505 4.99 Cu CG1 B:Ile505 4.40 Cu NE2 B:His508 4.01 Cu CB B:His508 3.27 Cu ND1 B:His508 1.95 Cu CD2 B:His508 4.03 Cu CE1 B:His508 2.93 Cu CG B:His508 2.92 Cu CA B:His508 4.80 Cu CD1 B:Leu513 3.83 interactive model: Copper binding site 6 out of 8 in 2ih9 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 6 of Copper in the PDB 2ih9. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His93, B: His138, B: His140, B: His434, B: His436, B: Leu500, B: His502, B: Cu603, B: Cu604, B: Hoh1087, B: Hoh1141, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His93 4.04 Cu CD2 B:His93 3.95 Cu CE1 B:His93 4.84 Cu CG B:His93 4.74 Cu CE1 B:His138 4.86 Cu NE2 B:His140 2.00 Cu ND1 B:His140 4.05 Cu CD2 B:His140 3.07 Cu CE1 B:His140 2.90 Cu CG B:His140 4.16 Cu NE2 B:His434 4.54 Cu CD2 B:His434 4.09 Cu NE2 B:His436 1.88 Cu ND1 B:His436 3.84 Cu CD2 B:His436 3.06 Cu CE1 B:His436 2.64 Cu CG B:His436 4.07 Cu CB B:Leu500 4.77 Cu CD1 B:Leu500 4.49 Cu NE2 B:His502 1.92 Cu ND1 B:His502 4.01 Cu CD2 B:His502 2.93 Cu CE1 B:His502 2.90 Cu CG B:His502 4.06 Cu CU B:Cu603 4.84 Cu CU B:Cu604 4.09 Cu O B:Hoh1087 4.42 Cu O B:Hoh1141 2.33 interactive model: Copper binding site 7 out of 8 in 2ih9 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 7 of Copper in the PDB 2ih9. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His93, B: His95, B: Trp136, B: His138, B: His434, B: His504, B: Cu602, B: Cu604, B: Hoh1087, B: Hoh1141, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His93 4.23 Cu CD2 B:His93 3.81 Cu NE2 B:His95 3.99 Cu CB B:His95 3.53 Cu ND1 B:His95 1.96 Cu CD2 B:His95 4.13 Cu CE1 B:His95 2.83 Cu CG B:His95 3.08 Cu CA B:His95 4.67 Cu CZ2 B:Trp136 3.79 Cu CE2 B:Trp136 4.25 Cu NE1 B:Trp136 4.59 Cu CH2 B:Trp136 4.28 Cu NE2 B:His138 1.95 Cu ND1 B:His138 3.97 Cu CD2 B:His138 2.99 Cu CE1 B:His138 2.85 Cu CG B:His138 4.06 Cu NE2 B:His434 4.24 Cu CD2 B:His434 4.19 Cu CG B:His434 4.99 Cu NE2 B:His504 1.97 Cu ND1 B:His504 4.00 Cu CD2 B:His504 3.07 Cu CE1 B:His504 2.84 Cu CG B:His504 4.14 Cu CU B:Cu602 4.84 Cu CU B:Cu604 4.06 Cu O B:Hoh1087 4.67 Cu O B:Hoh1141 2.52 interactive model: Copper binding site 8 out of 8 in 2ih9 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 8 of Copper in the PDB 2ih9. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His93, B: His95, B: Gly96, B: His434, B: Leu435, B: His436, B: Cu602, B: Cu603, B: Cl610, B: Hoh821, B: Hoh1141, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His93 1.91 Cu ND1 B:His93 3.94 Cu CD2 B:His93 3.02 Cu CE1 B:His93 2.78 Cu CG B:His93 4.09 Cu NE2 B:His95 4.65 Cu N B:His95 4.66 Cu CB B:His95 4.11 Cu ND1 B:His95 3.81 Cu CD2 B:His95 4.39 Cu C B:His95 4.73 Cu CE1 B:His95 4.33 Cu CG B:His95 3.85 Cu CA B:His95 3.81 Cu N B:Gly96 4.49 Cu NE2 B:His434 1.91 Cu ND1 B:His434 4.00 Cu CD2 B:His434 2.93 Cu CE1 B:His434 2.89 Cu CG B:His434 4.05 Cu O B:Leu435 4.73 Cu C B:Leu435 4.93 Cu NE2 B:His436 3.30 Cu N B:His436 4.83 Cu CB B:His436 4.62 Cu ND1 B:His436 4.18 Cu CD2 B:His436 3.16 Cu CE1 B:His436 3.94 Cu CG B:His436 3.76 Cu CA B:His436 4.43 Cu CU B:Cu602 4.09 Cu CU B:Cu603 4.06 Cu CL B:Cl610 2.76 Cu O B:Hoh821 4.86 Cu O B:Hoh1141 3.36 interactive model: