Copper in the structure of Crystal Structure of Blue Laccase From Trametes Trogii Complexed With P-Methylbenzoate (pdb 2hrg)

The binding sites of Copper atom in the structure of Crystal Structure of Blue Laccase From Trametes Trogii Complexed With P-Methylbenzoate (pdb code 2hrg). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 2hrg structure was solved by I.MATERA, A.GULLOTTO, M.FERRARONI, S.TILLI, F.BRIGANTI, A.SCOZZAFAVA, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 22.3-1.6 Space group P212121 a (A) 84.385 b (A) 85.128 c (A) 108.561 alpha (°) 90.00 beta (°) 90.00 gamma (°) 90.00 Rfactor (%) 17.4 Rfree (%) 19.2 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 4 in 2hrg Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 2hrg. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Gly391, A: His394, A: Pro395, A: Cys450, A: Ile452, A: His455, A: Phe460, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O A:Gly391 4.72 Cu NE2 A:His394 4.10 Cu N A:His394 4.94 Cu CB A:His394 3.43 Cu ND1 A:His394 2.06 Cu CD2 A:His394 4.16 Cu C A:His394 4.94 Cu CE1 A:His394 2.99 Cu CG A:His394 3.07 Cu CA A:His394 3.95 Cu CD A:Pro395 4.64 Cu CB A:Cys450 3.25 Cu SG A:Cys450 2.15 Cu CA A:Cys450 4.61 Cu O A:Ile452 4.86 Cu N A:Ile452 4.70 Cu CB A:Ile452 3.75 Cu CD1 A:Ile452 3.57 Cu CG2 A:Ile452 4.55 Cu CG1 A:Ile452 3.98 Cu CA A:Ile452 4.78 Cu NE2 A:His455 4.12 Cu CB A:His455 3.38 Cu ND1 A:His455 2.03 Cu CD2 A:His455 4.17 Cu CE1 A:His455 2.99 Cu CG A:His455 3.05 Cu CA A:His455 4.90 Cu CE2 A:Phe460 4.01 Cu CD2 A:Phe460 3.79 interactive model: Copper binding site 2 out of 4 in 2hrg Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 2hrg. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: His66, A: Trp107, A: His109, A: Ala240, A: His397, A: His451, A: Cu1499, A: Hoh3077, A: Hoh3160, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His64 4.19 Cu CD2 A:His64 3.68 Cu CG A:His64 4.90 Cu NE2 A:His66 4.00 Cu CB A:His66 3.42 Cu ND1 A:His66 1.94 Cu CD2 A:His66 4.09 Cu CE1 A:His66 2.86 Cu CG A:His66 3.00 Cu CA A:His66 4.58 Cu CD1 A:Trp107 4.95 Cu CD2 A:Trp107 4.80 Cu CZ2 A:Trp107 3.57 Cu CE2 A:Trp107 3.85 Cu NE1 A:Trp107 3.99 Cu CH2 A:Trp107 4.32 Cu NE2 A:His109 2.03 Cu ND1 A:His109 4.09 Cu CD2 A:His109 3.01 Cu CE1 A:His109 2.99 Cu CG A:His109 4.13 Cu CB A:Ala240 4.30 Cu NE2 A:His397 4.45 Cu CD2 A:His397 4.34 Cu NE2 A:His451 2.19 Cu ND1 A:His451 4.22 Cu CD2 A:His451 3.25 Cu CE1 A:His451 3.07 Cu CG A:His451 4.34 Cu CU A:Cu1499 4.09 Cu O A:Hoh3077 4.45 Cu O A:Hoh3160 2.98 interactive model: Copper binding site 3 out of 4 in 2hrg Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 2hrg. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: His66, A: Gly67, A: His397, A: His399, A: Cu1498, A: Cu1500, A: Hoh3011, A: Hoh3017, A: Hoh3036, A: Hoh3160, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His64 1.87 Cu ND1 A:His64 3.88 Cu CD2 A:His64 2.93 Cu CE1 A:His64 2.76 Cu CG A:His64 3.99 Cu NE2 A:His66 4.14 Cu N A:His66 4.94 Cu CB A:His66 4.12 Cu ND1 A:His66 3.44 Cu CD2 A:His66 4.08 Cu C A:His66 4.54 Cu CE1 A:His66 3.77 Cu CG A:His66 3.66 Cu CA A:His66 3.90 Cu N A:Gly67 4.14 Cu NE2 A:His397 1.80 Cu ND1 A:His397 3.90 Cu CD2 A:His397 2.77 Cu CE1 A:His397 2.83 Cu CG A:His397 3.90 Cu NE2 A:His399 3.44 Cu CB A:His399 4.70 Cu ND1 A:His399 3.64 Cu CD2 A:His399 3.69 Cu CE1 A:His399 3.44 Cu CG A:His399 3.80 Cu CA A:His399 4.59 Cu CU A:Cu1498 4.09 Cu CU A:Cu1500 4.55 Cu O A:Hoh3011 4.57 Cu O A:Hoh3017 4.72 Cu O A:Hoh3036 2.57 Cu O A:Hoh3160 3.74 interactive model: Copper binding site 4 out of 4 in 2hrg Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 2hrg. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: Pro79, A: His111, A: His397, A: His399, A: Phe447, A: His449, A: His451, A: Cu1499, A: Hoh3077, A: Hoh3160, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His64 4.81 Cu CD2 A:His64 4.61 Cu CG A:Pro79 4.54 Cu NE2 A:His111 2.07 Cu ND1 A:His111 4.11 Cu CD2 A:His111 3.15 Cu CE1 A:His111 2.95 Cu CG A:His111 4.24 Cu NE2 A:His397 4.70 Cu CD2 A:His397 3.94 Cu NE2 A:His399 2.01 Cu ND1 A:His399 4.02 Cu CD2 A:His399 3.13 Cu CE1 A:His399 2.84 Cu CG A:His399 4.18 Cu CB A:Phe447 4.31 Cu CE2 A:Phe447 4.93 Cu CD2 A:Phe447 4.04 Cu CG A:Phe447 4.60 Cu NE2 A:His449 1.97 Cu ND1 A:His449 4.06 Cu CD2 A:His449 2.94 Cu CE1 A:His449 2.97 Cu CG A:His449 4.08 Cu NE2 A:His451 5.00 Cu CU A:Cu1499 4.55 Cu O A:Hoh3077 3.80 Cu O A:Hoh3160 2.23 interactive model: