Copper in the structure of Crystal Structure of Blue Laccase From Trametes Trogii Complexed With P-Methylbenzoate (pdb 2hrg)
The binding sites of Copper atom in the structure of Crystal Structure of Blue Laccase From Trametes Trogii Complexed With P-Methylbenzoate (pdb code 2hrg). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 2hrg structure was solved by I.MATERA, A.GULLOTTO, M.FERRARONI, S.TILLI, F.BRIGANTI, A.SCOZZAFAVA, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below:
Resolution (A) | 22.3-1.6 | Space group | P212121 | a (A) | 84.385 | b (A) | 85.128 | c (A) | 108.561 | alpha (°) | 90.00 | beta (°) | 90.00 | gamma (°) | 90.00 | Rfactor (%) | 17.4 | Rfree (%) | 19.2 |
|
Copper Binding Sites:Copper binding site 1 out of 4 in 2hrg
|  Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 2hrg. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Gly391, A: His394, A: Pro395, A: Cys450, A: Ile452, A: His455, A: Phe460, | conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | O A:Gly391 | 4.72 | Cu | NE2 A:His394 | 4.10 | Cu | N A:His394 | 4.94 | Cu | CB A:His394 | 3.43 | Cu | ND1 A:His394 | 2.06 | Cu | CD2 A:His394 | 4.16 | Cu | C A:His394 | 4.94 | Cu | CE1 A:His394 | 2.99 | Cu | CG A:His394 | 3.07 | Cu | CA A:His394 | 3.95 | Cu | CD A:Pro395 | 4.64 | Cu | CB A:Cys450 | 3.25 | Cu | SG A:Cys450 | 2.15 | Cu | CA A:Cys450 | 4.61 | Cu | O A:Ile452 | 4.86 | Cu | N A:Ile452 | 4.70 | Cu | CB A:Ile452 | 3.75 | Cu | CD1 A:Ile452 | 3.57 | Cu | CG2 A:Ile452 | 4.55 | Cu | CG1 A:Ile452 | 3.98 | Cu | CA A:Ile452 | 4.78 | Cu | NE2 A:His455 | 4.12 | Cu | CB A:His455 | 3.38 | Cu | ND1 A:His455 | 2.03 | Cu | CD2 A:His455 | 4.17 | Cu | CE1 A:His455 | 2.99 | Cu | CG A:His455 | 3.05 | Cu | CA A:His455 | 4.90 | Cu | CE2 A:Phe460 | 4.01 | Cu | CD2 A:Phe460 | 3.79 |
| interactive model:
| Copper binding site 2 out of 4 in 2hrg
|  Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 2hrg. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: His66, A: Trp107, A: His109, A: Ala240, A: His397, A: His451, A: Cu1499, A: Hoh3077, A: Hoh3160, | conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | NE2 A:His64 | 4.19 | Cu | CD2 A:His64 | 3.68 | Cu | CG A:His64 | 4.90 | Cu | NE2 A:His66 | 4.00 | Cu | CB A:His66 | 3.42 | Cu | ND1 A:His66 | 1.94 | Cu | CD2 A:His66 | 4.09 | Cu | CE1 A:His66 | 2.86 | Cu | CG A:His66 | 3.00 | Cu | CA A:His66 | 4.58 | Cu | CD1 A:Trp107 | 4.95 | Cu | CD2 A:Trp107 | 4.80 | Cu | CZ2 A:Trp107 | 3.57 | Cu | CE2 A:Trp107 | 3.85 | Cu | NE1 A:Trp107 | 3.99 | Cu | CH2 A:Trp107 | 4.32 | Cu | NE2 A:His109 | 2.03 | Cu | ND1 A:His109 | 4.09 | Cu | CD2 A:His109 | 3.01 | Cu | CE1 A:His109 | 2.99 | Cu | CG A:His109 | 4.13 | Cu | CB A:Ala240 | 4.30 | Cu | NE2 A:His397 | 4.45 | Cu | CD2 A:His397 | 4.34 | Cu | NE2 A:His451 | 2.19 | Cu | ND1 A:His451 | 4.22 | Cu | CD2 A:His451 | 3.25 | Cu | CE1 A:His451 | 3.07 | Cu | CG A:His451 | 4.34 | Cu | CU A:Cu1499 | 4.09 | Cu | O A:Hoh3077 | 4.45 | Cu | O A:Hoh3160 | 2.98 |
| interactive model:
| Copper binding site 3 out of 4 in 2hrg
|  Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 2hrg. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: His66, A: Gly67, A: His397, A: His399, A: Cu1498, A: Cu1500, A: Hoh3011, A: Hoh3017, A: Hoh3036, A: Hoh3160, | conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | NE2 A:His64 | 1.87 | Cu | ND1 A:His64 | 3.88 | Cu | CD2 A:His64 | 2.93 | Cu | CE1 A:His64 | 2.76 | Cu | CG A:His64 | 3.99 | Cu | NE2 A:His66 | 4.14 | Cu | N A:His66 | 4.94 | Cu | CB A:His66 | 4.12 | Cu | ND1 A:His66 | 3.44 | Cu | CD2 A:His66 | 4.08 | Cu | C A:His66 | 4.54 | Cu | CE1 A:His66 | 3.77 | Cu | CG A:His66 | 3.66 | Cu | CA A:His66 | 3.90 | Cu | N A:Gly67 | 4.14 | Cu | NE2 A:His397 | 1.80 | Cu | ND1 A:His397 | 3.90 | Cu | CD2 A:His397 | 2.77 | Cu | CE1 A:His397 | 2.83 | Cu | CG A:His397 | 3.90 | Cu | NE2 A:His399 | 3.44 | Cu | CB A:His399 | 4.70 | Cu | ND1 A:His399 | 3.64 | Cu | CD2 A:His399 | 3.69 | Cu | CE1 A:His399 | 3.44 | Cu | CG A:His399 | 3.80 | Cu | CA A:His399 | 4.59 | Cu | CU A:Cu1498 | 4.09 | Cu | CU A:Cu1500 | 4.55 | Cu | O A:Hoh3011 | 4.57 | Cu | O A:Hoh3017 | 4.72 | Cu | O A:Hoh3036 | 2.57 | Cu | O A:Hoh3160 | 3.74 |
| interactive model:
| Copper binding site 4 out of 4 in 2hrg
|  Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 2hrg. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: Pro79, A: His111, A: His397, A: His399, A: Phe447, A: His449, A: His451, A: Cu1499, A: Hoh3077, A: Hoh3160, | conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | NE2 A:His64 | 4.81 | Cu | CD2 A:His64 | 4.61 | Cu | CG A:Pro79 | 4.54 | Cu | NE2 A:His111 | 2.07 | Cu | ND1 A:His111 | 4.11 | Cu | CD2 A:His111 | 3.15 | Cu | CE1 A:His111 | 2.95 | Cu | CG A:His111 | 4.24 | Cu | NE2 A:His397 | 4.70 | Cu | CD2 A:His397 | 3.94 | Cu | NE2 A:His399 | 2.01 | Cu | ND1 A:His399 | 4.02 | Cu | CD2 A:His399 | 3.13 | Cu | CE1 A:His399 | 2.84 | Cu | CG A:His399 | 4.18 | Cu | CB A:Phe447 | 4.31 | Cu | CE2 A:Phe447 | 4.93 | Cu | CD2 A:Phe447 | 4.04 | Cu | CG A:Phe447 | 4.60 | Cu | NE2 A:His449 | 1.97 | Cu | ND1 A:His449 | 4.06 | Cu | CD2 A:His449 | 2.94 | Cu | CE1 A:His449 | 2.97 | Cu | CG A:His449 | 4.08 | Cu | NE2 A:His451 | 5.00 | Cu | CU A:Cu1499 | 4.55 | Cu | O A:Hoh3077 | 3.80 | Cu | O A:Hoh3160 | 2.23 |
| interactive model:
|
|
|
|
|