Copper in the structure of Solution Structure Of The Copper(I) Form Of the Fifth Domain of Menkes Protein (pdb 1y3j)

The binding sites of Copper atom in the structure of Solution Structure Of The Copper(I) Form Of the Fifth Domain of Menkes Protein (pdb code 1y3j). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 1y3j structure was solved by L.BANCI, C.T.CHASAPIS, S.CIOFI-BAFFONI, N.HADJILIADIS, A.ROSATO, STRUCTURAL PROTEOMICS IN EUROPE (SPINE), with NMR in Solution technique. Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 1 in 1y3j Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 1y3j. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, A: Gly11, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, A: Thr13, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, A: Gly11, A: Cys14, A: Ser16, A: Cys17, A: Asn20, A: Phe66, A: Gly11, A: Thr13, A: Cys14, A: Ala15, A: Cys17, A: Phe66, A: Thr13, A: Cys14, A: Ala15, A: Cys17, A: Phe66, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, A: Thr13, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, A: Gly11, A: Thr13, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, A: Met12, A: Thr13, A: Cys14, A: Cys17, A: Phe66, A: Thr13, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Gly11, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Cys14, A: Ala15, A: Ser16, A: Cys17, A: Phe66, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu O A:Cys14 4.21 Cu HB2 A:Cys14 3.94 Cu CB A:Cys14 3.14 Cu HB3 A:Cys14 2.90 Cu HA A:Cys14 4.60 Cu SG A:Cys14 2.18 Cu C A:Cys14 3.91 Cu CA A:Cys14 4.08 Cu O A:Ala15 2.65 Cu N A:Ala15 4.17 Cu H A:Ala15 4.32 Cu C A:Ala15 3.84 Cu CA A:Ala15 4.67 Cu HB2 A:Ser16 3.55 Cu N A:Ser16 4.77 Cu CB A:Ser16 4.57 Cu C A:Ser16 4.66 Cu CA A:Ser16 4.89 Cu HB2 A:Cys17 3.40 Cu N A:Cys17 3.57 Cu CB A:Cys17 3.38 Cu HB3 A:Cys17 4.28 Cu HA A:Cys17 4.07 Cu SG A:Cys17 2.18 Cu H A:Cys17 2.73 Cu CA A:Cys17 3.93 Cu HE2 A:Phe66 4.74 interactive model: