Copper in the structure of 3D Structure of Cota Incubated With Hydrogen Peroxide (pdb 1w8e)

The binding sites of Copper atom in the structure of 3D Structure of Cota Incubated With Hydrogen Peroxide (pdb code 1w8e). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 1w8e structure was solved by I.BENTO, L.O.MARTINS, G.G.LOPES, M.A.CARRONDO, P.F.LINDLEY, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 32.0-2.2 Space group P3121 a (A) 102.720 b (A) 102.720 c (A) 137.348 alpha (°) 90.00 beta (°) 90.00 gamma (°) 120.00 Rfactor (%) 16.1 Rfree (%) 19.9 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 4 in 1w8e Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 1w8e. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Leu386, A: Thr418, A: His419, A: Pro420, A: Cys492, A: Ile494, A: His497, A: Met502, A: Hoh2401, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu CD1 A:Leu386 4.74 Cu O A:Thr418 4.93 Cu NE2 A:His419 4.04 Cu CB A:His419 3.58 Cu ND1 A:His419 2.01 Cu CD2 A:His419 4.18 Cu CE1 A:His419 2.86 Cu CG A:His419 3.12 Cu CA A:His419 4.10 Cu CD A:Pro420 4.71 Cu CB A:Cys492 3.26 Cu SG A:Cys492 2.21 Cu CA A:Cys492 4.64 Cu N A:Ile494 4.98 Cu CB A:Ile494 4.09 Cu CD1 A:Ile494 4.01 Cu CG2 A:Ile494 4.81 Cu CG1 A:Ile494 4.44 Cu NE2 A:His497 4.08 Cu CB A:His497 3.38 Cu ND1 A:His497 1.99 Cu CD2 A:His497 4.14 Cu CE1 A:His497 2.95 Cu CG A:His497 3.02 Cu CA A:His497 4.91 Cu CE A:Met502 3.96 Cu CG A:Met502 4.74 Cu SD A:Met502 3.28 Cu O A:Hoh2401 4.50 interactive model: Copper binding site 2 out of 4 in 1w8e Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 1w8e. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His105, A: His107, A: Trp151, A: His153, A: Ala297, A: His422, A: His493, A: Cu1514, A: Cu1515, A: Per1516, A: Hoh2449, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His105 4.32 Cu CD2 A:His105 3.85 Cu NE2 A:His107 4.04 Cu CB A:His107 3.53 Cu ND1 A:His107 2.00 Cu CD2 A:His107 4.17 Cu CE1 A:His107 2.87 Cu CG A:His107 3.10 Cu CA A:His107 4.57 Cu CZ2 A:Trp151 3.96 Cu CE2 A:Trp151 4.28 Cu NE1 A:Trp151 4.36 Cu CH2 A:Trp151 4.72 Cu NE2 A:His153 2.04 Cu ND1 A:His153 4.08 Cu CD2 A:His153 3.12 Cu CE1 A:His153 2.93 Cu CG A:His153 4.21 Cu CB A:Ala297 4.47 Cu NE2 A:His422 4.65 Cu CD2 A:His422 4.60 Cu NE2 A:His493 2.03 Cu ND1 A:His493 4.11 Cu CD2 A:His493 3.06 Cu CE1 A:His493 2.98 Cu CG A:His493 4.18 Cu CU A:Cu1514 4.64 Cu CU A:Cu1515 4.09 Cu O1 A:Per1516 1.89 Cu O2 A:Per1516 2.89 Cu O A:Hoh2449 4.08 interactive model: Copper binding site 3 out of 4 in 1w8e Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 1w8e. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His105, A: His155, A: His422, A: His424, A: Val489, A: His491, A: His493, A: Glu498, A: Cu1513, A: Cu1515, A: Per1516, A: Hoh2172, A: Hoh2449, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His105 3.77 Cu ND1 A:His105 4.92 Cu CD2 A:His105 3.80 Cu CE1 A:His105 4.50 Cu CG A:His105 4.55 Cu NE2 A:His155 2.05 Cu ND1 A:His155 4.17 Cu CD2 A:His155 2.91 Cu CE1 A:His155 3.13 Cu CG A:His155 4.11 Cu NE2 A:His422 4.38 Cu CD2 A:His422 3.88 Cu NE2 A:His424 2.01 Cu ND1 A:His424 4.00 Cu CD2 A:His424 3.18 Cu CE1 A:His424 2.80 Cu CG A:His424 4.21 Cu CG2 A:Val489 4.04 Cu NE2 A:His491 2.00 Cu ND1 A:His491 3.98 Cu CD2 A:His491 3.00 Cu CE1 A:His491 2.89 Cu CG A:His491 4.07 Cu NE2 A:His493 4.89 Cu CD2 A:His493 4.89 Cu OE1 A:Glu498 4.96 Cu OE2 A:Glu498 4.76 Cu CU A:Cu1513 4.64 Cu CU A:Cu1515 3.72 Cu O1 A:Per1516 2.87 Cu O2 A:Per1516 1.88 Cu O A:Hoh2172 4.68 Cu O A:Hoh2449 3.66 interactive model: Copper binding site 4 out of 4 in 1w8e Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 1w8e. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His105, A: His107, A: Gly108, A: His422, A: His424, A: His491, A: Cu1513, A: Cu1514, A: Per1516, A: Hoh2155, A: Hoh2156, A: Hoh2404, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His105 1.97 Cu ND1 A:His105 4.02 Cu CD2 A:His105 3.05 Cu CE1 A:His105 2.88 Cu CG A:His105 4.13 Cu NE2 A:His107 4.23 Cu N A:His107 4.87 Cu CB A:His107 4.21 Cu ND1 A:His107 3.55 Cu CD2 A:His107 4.17 Cu C A:His107 4.66 Cu CE1 A:His107 3.88 Cu CG A:His107 3.77 Cu CA A:His107 3.89 Cu N A:Gly108 4.30 Cu NE2 A:His422 1.97 Cu ND1 A:His422 4.07 Cu CD2 A:His422 2.85 Cu CE1 A:His422 3.03 Cu CG A:His422 4.02 Cu NE2 A:His424 3.20 Cu N A:His424 4.95 Cu CB A:His424 4.60 Cu ND1 A:His424 4.05 Cu CD2 A:His424 3.18 Cu CE1 A:His424 3.77 Cu CG A:His424 3.74 Cu CA A:His424 4.46 Cu NE2 A:His491 4.82 Cu CU A:Cu1513 4.09 Cu CU A:Cu1514 3.72 Cu O1 A:Per1516 3.71 Cu O2 A:Per1516 2.61 Cu O A:Hoh2155 2.66 Cu O A:Hoh2156 4.72 Cu O A:Hoh2404 4.87 interactive model: