Copper in the structure of Accuracy and Precision in Protein Crystal Structure Analysis: Two Independent Refinements Of the Structure of Poplar Plastocyanin At 173K (pdb 1pnc)

The binding sites of Copper atom in the structure of Accuracy and Precision in Protein Crystal Structure Analysis: Two Independent Refinements Of the Structure of Poplar Plastocyanin At 173K (pdb code 1pnc). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 1pnc structure was solved by B.A.FIELDS, J.M.GUSS, H.C.FREEMAN, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 6.0-1.6 Space group P212121 a (A) 29.180 b (A) 46.290 c (A) 56.640 alpha (°) 90.00 beta (°) 90.00 gamma (°) 90.00 Rfactor (%) n/a Rfree (%) n/a Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 1 in 1pnc Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 1pnc. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Leu12, A: Pro36, A: His37, A: Asn38, A: Cys84, A: Pro86, A: His87, A: Met92, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu HB3 A:Leu12 4.79 Cu HD23 A:Leu12 4.23 Cu C A:Pro36 4.77 Cu O A:Pro36 4.06 Cu HB2 A:His37 4.45 Cu N A:His37 4.72 Cu CB A:His37 3.47 Cu HB3 A:His37 3.25 Cu CD2 A:His37 4.16 Cu C A:His37 4.82 Cu CG A:His37 3.04 Cu CA A:His37 3.74 Cu NE2 A:His37 4.07 Cu HA A:His37 3.10 Cu HE1 A:His37 3.04 Cu ND1 A:His37 1.97 Cu CE1 A:His37 2.89 Cu HE2 A:His37 4.90 Cu N A:Asn38 4.66 Cu H A:Asn38 3.93 Cu O A:Cys84 5.00 Cu HB2 A:Cys84 3.34 Cu CB A:Cys84 3.16 Cu HB3 A:Cys84 3.13 Cu HA A:Cys84 4.79 Cu SG A:Cys84 2.14 Cu C A:Cys84 4.93 Cu CA A:Cys84 4.52 Cu HG3 A:Pro86 4.83 Cu CG A:Pro86 4.47 Cu HD2 A:Pro86 4.63 Cu HG2 A:Pro86 3.52 Cu HB2 A:His87 2.93 Cu N A:His87 4.56 Cu CB A:His87 3.45 Cu HB3 A:His87 4.00 Cu CD2 A:His87 4.18 Cu CG A:His87 3.02 Cu CA A:His87 4.69 Cu NE2 A:His87 4.10 Cu HE1 A:His87 3.12 Cu ND1 A:His87 1.95 Cu H A:His87 4.15 Cu CE1 A:His87 2.92 Cu HE2 A:His87 4.95 Cu HB2 A:Met92 4.72 Cu HG3 A:Met92 4.96 Cu CB A:Met92 4.66 Cu HB3 A:Met92 4.21 Cu HE3 A:Met92 3.43 Cu CG A:Met92 4.22 Cu SD A:Met92 2.78 Cu HG2 A:Met92 4.22 Cu CE A:Met92 3.52 Cu HE1 A:Met92 4.44 Cu HE2 A:Met92 3.42 interactive model: