Copper in the structure of Active Laccase From Trametes Versicolor Complexed With 2,5-Xylidine (pdb 1kya)

The binding sites of Copper atom in the structure of Active Laccase From Trametes Versicolor Complexed With 2,5-Xylidine (pdb code 1kya). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 1kya structure was solved by T.BERTRAND, C.JOLIVALT, P.BRIOZZO, E.CAMINADE, N.JOLY, C.MADZAK, C.MOUGIN, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 35.0-2.4 Space group P1211 a (A) 87.720 b (A) 110.520 c (A) 123.201 alpha (°) 90.00 beta (°) 103.44 gamma (°) 90.00 Rfactor (%) 25.3 Rfree (%) 27.6 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Gly392, A: His395, A: Pro396, A: Cys453, A: Ile455, A: His458, A: Phe463, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O A:Gly392 4.87 Cu NE2 A:His395 4.40 Cu N A:His395 4.98 Cu CB A:His395 3.44 Cu ND1 A:His395 2.36 Cu CD2 A:His395 4.38 Cu C A:His395 4.84 Cu CE1 A:His395 3.34 Cu CG A:His395 3.23 Cu CA A:His395 3.93 Cu N A:Pro396 4.98 Cu CD A:Pro396 4.49 Cu CB A:Cys453 3.32 Cu SG A:Cys453 2.20 Cu CA A:Cys453 4.68 Cu O A:Ile455 4.98 Cu N A:Ile455 4.78 Cu CB A:Ile455 3.78 Cu CD1 A:Ile455 3.51 Cu CG2 A:Ile455 4.59 Cu CG1 A:Ile455 3.88 Cu CA A:Ile455 4.86 Cu NE2 A:His458 4.27 Cu CB A:His458 3.55 Cu ND1 A:His458 2.23 Cu CD2 A:His458 4.33 Cu CE1 A:His458 3.14 Cu CG A:His458 3.23 Cu CE2 A:Phe463 3.81 Cu CD2 A:Phe463 3.69 Cu CG A:Phe463 4.98 interactive model: Copper binding site 2 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: His111, A: His398, A: His400, A: Phe450, A: His452, A: His454, A: Cu502, A: Cu503, A: Hoh1505, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His64 4.65 Cu CD2 A:His64 4.45 Cu CG A:His64 4.93 Cu NE2 A:His111 2.28 Cu ND1 A:His111 4.40 Cu CD2 A:His111 3.18 Cu CE1 A:His111 3.32 Cu CG A:His111 4.37 Cu NE2 A:His398 4.22 Cu CD2 A:His398 3.55 Cu CG A:His398 4.71 Cu NE2 A:His400 2.11 Cu ND1 A:His400 4.07 Cu CD2 A:His400 3.24 Cu CE1 A:His400 2.88 Cu CG A:His400 4.27 Cu CB A:Phe450 4.98 Cu CD2 A:Phe450 4.82 Cu NE2 A:His452 2.24 Cu ND1 A:His452 4.18 Cu CD2 A:His452 3.42 Cu CE1 A:His452 2.96 Cu CG A:His452 4.43 Cu NE2 A:His454 4.78 Cu CD2 A:His454 4.80 Cu CU A:Cu502 3.81 Cu CU A:Cu503 3.97 Cu O A:Hoh1505 1.79 interactive model: Copper binding site 3 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: His66, A: Trp107, A: His109, A: His111, A: Ala241, A: His398, A: His454, A: Cu501, A: Cu503, A: Hoh1505, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His64 4.26 Cu CD2 A:His64 3.71 Cu CG A:His64 4.84 Cu NE2 A:His66 4.12 Cu CB A:His66 3.98 Cu ND1 A:His66 2.30 Cu CD2 A:His66 4.37 Cu CE1 A:His66 2.94 Cu CG A:His66 3.43 Cu CA A:His66 4.86 Cu CZ2 A:Trp107 4.19 Cu CE2 A:Trp107 4.64 Cu NE1 A:Trp107 4.85 Cu CH2 A:Trp107 4.78 Cu NE2 A:His109 2.53 Cu ND1 A:His109 4.48 Cu CD2 A:His109 3.66 Cu CE1 A:His109 3.26 Cu CG A:His109 4.70 Cu NE2 A:His111 4.95 Cu CD2 A:His111 4.87 Cu CB A:Ala241 4.59 Cu NE2 A:His398 4.14 Cu CD2 A:His398 3.95 Cu CG A:His398 4.89 Cu NE2 A:His454 2.28 Cu ND1 A:His454 4.40 Cu CD2 A:His454 3.10 Cu CE1 A:His454 3.36 Cu CG A:His454 4.32 Cu CU A:Cu501 3.81 Cu CU A:Cu503 3.78 Cu O A:Hoh1505 2.08 interactive model: Copper binding site 4 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: His66, A: Gly67, A: His398, A: Leu399, A: His400, A: Cu501, A: Cu502, A: Hoh1505, A: Hoh1540, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His64 2.11 Cu ND1 A:His64 4.01 Cu CD2 A:His64 3.02 Cu CE1 A:His64 2.98 Cu CG A:His64 4.06 Cu NE2 A:His66 4.08 Cu N A:His66 4.83 Cu CB A:His66 4.28 Cu ND1 A:His66 3.71 Cu CD2 A:His66 4.01 Cu C A:His66 4.64 Cu CE1 A:His66 3.91 Cu CG A:His66 3.77 Cu CA A:His66 3.96 Cu N A:Gly67 4.20 Cu NE2 A:His398 1.97 Cu ND1 A:His398 4.08 Cu CD2 A:His398 2.93 Cu CE1 A:His398 2.99 Cu CG A:His398 4.08 Cu O A:Leu399 4.91 Cu NE2 A:His400 3.48 Cu CB A:His400 4.76 Cu ND1 A:His400 3.49 Cu CD2 A:His400 3.81 Cu CE1 A:His400 3.29 Cu CG A:His400 3.82 Cu CA A:His400 4.67 Cu CU A:Cu501 3.97 Cu CU A:Cu502 3.78 Cu O A:Hoh1505 3.39 Cu O A:Hoh1540 2.58 interactive model: Copper binding site 5 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 5 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His395, B: Pro396, B: Cys453, B: Ile455, B: His458, B: Phe463, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His395 4.41 Cu CB B:His395 3.51 Cu ND1 B:His395 2.36 Cu CD2 B:His395 4.42 Cu C B:His395 4.93 Cu CE1 B:His395 3.32 Cu CG B:His395 3.28 Cu CA B:His395 4.01 Cu CD B:Pro396 4.56 Cu CB B:Cys453 3.34 Cu SG B:Cys453 2.25 Cu CA B:Cys453 4.70 Cu O B:Ile455 4.88 Cu N B:Ile455 4.79 Cu CB B:Ile455 3.76 Cu CD1 B:Ile455 3.56 Cu CG2 B:Ile455 4.54 Cu CG1 B:Ile455 3.89 Cu CA B:Ile455 4.84 Cu NE2 B:His458 4.22 Cu CB B:His458 3.47 Cu ND1 B:His458 2.17 Cu CD2 B:His458 4.27 Cu CE1 B:His458 3.11 Cu CG B:His458 3.16 Cu CA B:His458 4.99 Cu CE2 B:Phe463 3.83 Cu CD2 B:Phe463 3.68 Cu CG B:Phe463 4.95 interactive model: Copper binding site 6 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 6 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His64, B: His109, B: His111, B: His398, B: His400, B: Phe450, B: His452, B: His454, B: Cu502, B: Cu503, B: Hoh1502, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His64 4.63 Cu CD2 B:His64 4.38 Cu CG B:His64 4.91 Cu CE1 B:His109 5.00 Cu NE2 B:His111 2.31 Cu ND1 B:His111 4.43 Cu CD2 B:His111 3.18 Cu CE1 B:His111 3.36 Cu CG B:His111 4.38 Cu NE2 B:His398 4.20 Cu CD2 B:His398 3.53 Cu CG B:His398 4.68 Cu NE2 B:His400 2.21 Cu ND1 B:His400 4.15 Cu CD2 B:His400 3.32 Cu CE1 B:His400 2.98 Cu CG B:His400 4.35 Cu CD2 B:Phe450 4.88 Cu NE2 B:His452 2.23 Cu ND1 B:His452 4.15 Cu CD2 B:His452 3.44 Cu CE1 B:His452 2.91 Cu CG B:His452 4.43 Cu NE2 B:His454 4.69 Cu CD2 B:His454 4.72 Cu CU B:Cu502 3.98 Cu CU B:Cu503 3.89 Cu O B:Hoh1502 1.91 interactive model: Copper binding site 7 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 7 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His64, B: His66, B: Trp107, B: His109, B: Ala241, B: His398, B: His454, B: Cu501, B: Cu503, B: Hoh1502, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His64 4.40 Cu CD2 B:His64 3.83 Cu CG B:His64 4.98 Cu NE2 B:His66 4.05 Cu CB B:His66 3.88 Cu ND1 B:His66 2.18 Cu CD2 B:His66 4.30 Cu CE1 B:His66 2.85 Cu CG B:His66 3.34 Cu CA B:His66 4.83 Cu CZ2 B:Trp107 3.91 Cu CE2 B:Trp107 4.37 Cu NE1 B:Trp107 4.59 Cu CH2 B:Trp107 4.52 Cu NE2 B:His109 2.44 Cu ND1 B:His109 4.46 Cu CD2 B:His109 3.51 Cu CE1 B:His109 3.28 Cu CG B:His109 4.60 Cu CB B:Ala241 4.41 Cu NE2 B:His398 4.31 Cu CD2 B:His398 4.15 Cu NE2 B:His454 2.19 Cu ND1 B:His454 4.32 Cu CD2 B:His454 3.08 Cu CE1 B:His454 3.25 Cu CG B:His454 4.27 Cu CU B:Cu501 3.98 Cu CU B:Cu503 3.86 Cu O B:Hoh1502 2.13 interactive model: Copper binding site 8 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 8 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: B: His64, B: His66, B: Gly67, B: His398, B: Leu399, B: His400, B: Cu501, B: Cu502, B: Hoh1304, B: Hoh1502, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 B:His64 2.03 Cu ND1 B:His64 3.97 Cu CD2 B:His64 2.90 Cu CE1 B:His64 2.96 Cu CG B:His64 3.98 Cu NE2 B:His66 4.07 Cu N B:His66 4.79 Cu CB B:His66 4.26 Cu ND1 B:His66 3.66 Cu CD2 B:His66 4.04 Cu C B:His66 4.66 Cu CE1 B:His66 3.86 Cu CG B:His66 3.78 Cu CA B:His66 3.94 Cu N B:Gly67 4.28 Cu NE2 B:His398 2.03 Cu ND1 B:His398 4.14 Cu CD2 B:His398 2.94 Cu CE1 B:His398 3.07 Cu CG B:His398 4.11 Cu O B:Leu399 4.99 Cu NE2 B:His400 3.48 Cu CB B:His400 4.84 Cu ND1 B:His400 3.47 Cu CD2 B:His400 3.85 Cu CE1 B:His400 3.25 Cu CG B:His400 3.86 Cu CA B:His400 4.78 Cu CU B:Cu501 3.89 Cu CU B:Cu502 3.86 Cu O B:Hoh1304 2.29 Cu O B:Hoh1502 3.55 interactive model: Copper binding site 9 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 9 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: C: Gly392, C: His395, C: Pro396, C: Cys453, C: Ile455, C: His458, C: Phe463, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O C:Gly392 4.83 Cu NE2 C:His395 4.38 Cu CB C:His395 3.54 Cu ND1 C:His395 2.35 Cu CD2 C:His395 4.40 Cu C C:His395 4.96 Cu CE1 C:His395 3.29 Cu CG C:His395 3.28 Cu CA C:His395 4.03 Cu CD C:Pro396 4.59 Cu CB C:Cys453 3.40 Cu SG C:Cys453 2.31 Cu CA C:Cys453 4.76 Cu O C:Ile455 4.96 Cu N C:Ile455 4.84 Cu CB C:Ile455 3.79 Cu CD1 C:Ile455 3.56 Cu CG2 C:Ile455 4.57 Cu CG1 C:Ile455 3.90 Cu CA C:Ile455 4.89 Cu NE2 C:His458 4.18 Cu CB C:His458 3.47 Cu ND1 C:His458 2.14 Cu CD2 C:His458 4.24 Cu CE1 C:His458 3.06 Cu CG C:His458 3.14 Cu CA C:His458 5.00 Cu CE2 C:Phe463 3.81 Cu CD2 C:Phe463 3.68 Cu CG C:Phe463 4.97 interactive model: Copper binding site 10 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 10 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: C: His64, C: His111, C: His398, C: His400, C: Phe450, C: His452, C: His454, C: Cu502, C: Cu503, C: Hoh1492, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 C:His64 4.69 Cu CD2 C:His64 4.43 Cu CG C:His64 4.97 Cu NE2 C:His111 2.30 Cu ND1 C:His111 4.42 Cu CD2 C:His111 3.18 Cu CE1 C:His111 3.34 Cu CG C:His111 4.38 Cu NE2 C:His398 4.22 Cu CD2 C:His398 3.54 Cu CG C:His398 4.68 Cu NE2 C:His400 2.22 Cu ND1 C:His400 4.18 Cu CD2 C:His400 3.33 Cu CE1 C:His400 3.00 Cu CG C:His400 4.37 Cu CD2 C:Phe450 4.88 Cu NE2 C:His452 2.20 Cu ND1 C:His452 4.12 Cu CD2 C:His452 3.40 Cu CE1 C:His452 2.89 Cu CG C:His452 4.40 Cu NE2 C:His454 4.67 Cu CD2 C:His454 4.68 Cu CU C:Cu502 3.93 Cu CU C:Cu503 3.94 Cu O C:Hoh1492 1.89 interactive model: Copper binding site 11 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 11 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: C: His64, C: His66, C: Trp107, C: His109, C: His111, C: Ala241, C: His398, C: His454, C: Cu501, C: Cu503, C: Hoh1492, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 C:His64 4.30 Cu CD2 C:His64 3.70 Cu CG C:His64 4.84 Cu NE2 C:His66 4.15 Cu CB C:His66 3.85 Cu ND1 C:His66 2.25 Cu CD2 C:His66 4.35 Cu CE1 C:His66 2.97 Cu CG C:His66 3.36 Cu CA C:His66 4.75 Cu CZ2 C:Trp107 4.00 Cu CE2 C:Trp107 4.45 Cu NE1 C:Trp107 4.68 Cu CH2 C:Trp107 4.59 Cu NE2 C:His109 2.39 Cu ND1 C:His109 4.41 Cu CD2 C:His109 3.48 Cu CE1 C:His109 3.22 Cu CG C:His109 4.56 Cu CD2 C:His111 4.90 Cu CB C:Ala241 4.63 Cu NE2 C:His398 4.28 Cu CD2 C:His398 4.14 Cu NE2 C:His454 2.33 Cu ND1 C:His454 4.44 Cu CD2 C:His454 3.21 Cu CE1 C:His454 3.37 Cu CG C:His454 4.40 Cu CU C:Cu501 3.93 Cu CU C:Cu503 3.83 Cu O C:Hoh1492 2.08 interactive model: Copper binding site 12 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 12 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: C: His64, C: His66, C: Gly67, C: His398, C: Leu399, C: His400, C: Cu501, C: Cu502, C: Hoh1492, C: Hoh1748, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 C:His64 2.04 Cu ND1 C:His64 3.97 Cu CD2 C:His64 2.90 Cu CE1 C:His64 2.97 Cu CG C:His64 3.98 Cu NE2 C:His66 4.16 Cu N C:His66 4.80 Cu CB C:His66 4.31 Cu ND1 C:His66 3.76 Cu CD2 C:His66 4.11 Cu C C:His66 4.69 Cu CE1 C:His66 3.96 Cu CG C:His66 3.85 Cu CA C:His66 3.97 Cu N C:Gly67 4.27 Cu NE2 C:His398 2.02 Cu ND1 C:His398 4.14 Cu CD2 C:His398 2.95 Cu CE1 C:His398 3.06 Cu CG C:His398 4.12 Cu O C:Leu399 4.95 Cu NE2 C:His400 3.37 Cu CB C:His400 4.78 Cu ND1 C:His400 3.42 Cu CD2 C:His400 3.77 Cu CE1 C:His400 3.16 Cu CG C:His400 3.80 Cu CA C:His400 4.73 Cu CU C:Cu501 3.94 Cu CU C:Cu502 3.83 Cu O C:Hoh1492 3.49 Cu O C:Hoh1748 2.30 interactive model: Copper binding site 13 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 13 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: D: Gly392, D: His395, D: Pro396, D: Cys453, D: Ile455, D: His458, D: Phe463, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O D:Gly392 4.83 Cu NE2 D:His395 4.38 Cu N D:His395 4.98 Cu CB D:His395 3.43 Cu ND1 D:His395 2.31 Cu CD2 D:His395 4.36 Cu C D:His395 4.85 Cu CE1 D:His395 3.30 Cu CG D:His395 3.21 Cu CA D:His395 3.93 Cu CD D:Pro396 4.52 Cu CB D:Cys453 3.36 Cu SG D:Cys453 2.23 Cu CA D:Cys453 4.72 Cu O D:Ile455 4.95 Cu N D:Ile455 4.82 Cu CB D:Ile455 3.81 Cu CD1 D:Ile455 3.37 Cu CG2 D:Ile455 4.60 Cu CG1 D:Ile455 3.92 Cu CA D:Ile455 4.89 Cu NE2 D:His458 4.25 Cu CB D:His458 3.54 Cu ND1 D:His458 2.22 Cu CD2 D:His458 4.31 Cu CE1 D:His458 3.13 Cu CG D:His458 3.22 Cu CE2 D:Phe463 3.81 Cu CD2 D:Phe463 3.69 Cu CG D:Phe463 4.98 interactive model: Copper binding site 14 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 14 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: D: His64, D: His111, D: His398, D: His400, D: Phe450, D: His452, D: His454, D: Cu502, D: Cu503, D: Hoh1503, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 D:His64 4.66 Cu CD2 D:His64 4.44 Cu CG D:His64 4.94 Cu NE2 D:His111 2.34 Cu ND1 D:His111 4.46 Cu CD2 D:His111 3.23 Cu CE1 D:His111 3.38 Cu CG D:His111 4.43 Cu NE2 D:His398 4.15 Cu CD2 D:His398 3.48 Cu CG D:His398 4.63 Cu NE2 D:His400 2.18 Cu ND1 D:His400 4.14 Cu CD2 D:His400 3.28 Cu CE1 D:His400 2.97 Cu CG D:His400 4.32 Cu CD2 D:Phe450 4.90 Cu NE2 D:His452 2.21 Cu ND1 D:His452 4.13 Cu CD2 D:His452 3.42 Cu CE1 D:His452 2.90 Cu CG D:His452 4.41 Cu NE2 D:His454 4.68 Cu CD2 D:His454 4.71 Cu CU D:Cu502 3.91 Cu CU D:Cu503 3.94 Cu O D:Hoh1503 1.97 interactive model: Copper binding site 15 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 15 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: D: His64, D: His66, D: Trp107, D: His109, D: His111, D: Ala241, D: His398, D: His454, D: Cu501, D: Cu503, D: Hoh1503, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 D:His64 4.29 Cu CD2 D:His64 3.74 Cu CG D:His64 4.89 Cu NE2 D:His66 4.01 Cu CB D:His66 3.88 Cu ND1 D:His66 2.15 Cu CD2 D:His66 4.26 Cu CE1 D:His66 2.82 Cu CG D:His66 3.30 Cu CA D:His66 4.73 Cu CZ2 D:Trp107 4.05 Cu CE2 D:Trp107 4.47 Cu NE1 D:Trp107 4.66 Cu CH2 D:Trp107 4.68 Cu NE2 D:His109 2.50 Cu ND1 D:His109 4.50 Cu CD2 D:His109 3.58 Cu CE1 D:His109 3.31 Cu CG D:His109 4.66 Cu CD2 D:His111 4.99 Cu CB D:Ala241 4.52 Cu NE2 D:His398 4.19 Cu CD2 D:His398 4.04 Cu CG D:His398 4.94 Cu NE2 D:His454 2.27 Cu ND1 D:His454 4.39 Cu CD2 D:His454 3.12 Cu CE1 D:His454 3.34 Cu CG D:His454 4.32 Cu CU D:Cu501 3.91 Cu CU D:Cu503 3.74 Cu O D:Hoh1503 1.98 interactive model: Copper binding site 16 out of 16 in 1kya Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 16 of Copper in the PDB 1kya. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: D: His64, D: His66, D: Gly67, D: His398, D: Leu399, D: His400, D: Cu501, D: Cu502, D: Hoh1503, D: Hoh1747, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 D:His64 2.05 Cu ND1 D:His64 3.98 Cu CD2 D:His64 2.92 Cu CE1 D:His64 2.96 Cu CG D:His64 3.99 Cu NE2 D:His66 4.01 Cu N D:His66 4.69 Cu CB D:His66 4.23 Cu ND1 D:His66 3.60 Cu CD2 D:His66 3.95 Cu C D:His66 4.57 Cu CE1 D:His66 3.81 Cu CG D:His66 3.69 Cu CA D:His66 3.84 Cu N D:Gly67 4.19 Cu NE2 D:His398 2.02 Cu ND1 D:His398 4.12 Cu CD2 D:His398 2.97 Cu CE1 D:His398 3.04 Cu CG D:His398 4.12 Cu O D:Leu399 4.98 Cu NE2 D:His400 3.53 Cu CB D:His400 4.88 Cu ND1 D:His400 3.56 Cu CD2 D:His400 3.89 Cu CE1 D:His400 3.33 Cu CG D:His400 3.92 Cu CA D:His400 4.81 Cu CU D:Cu501 3.94 Cu CU D:Cu502 3.74 Cu O D:Hoh1503 3.19 Cu O D:Hoh1747 2.89 interactive model: