Copper in the structure of Type-2 Cu-Depleted Laccase From Coprinus Cinereus At 1.68 A Resolution (pdb 1hfu)

The binding sites of Copper atom in the structure of Type-2 Cu-Depleted Laccase From Coprinus Cinereus At 1.68 A Resolution (pdb code 1hfu). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 1hfu structure was solved by V.DUCROS, A.M.BRZOZOWSKI, G.J.DAVIES, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below: Resolution (A) 15.0-1.7 Space group P212121 a (A) 45.120 b (A) 84.560 c (A) 139.030 alpha (°) 90.00 beta (°) 90.00 gamma (°) 90.00 Rfactor (%) 18.4 Rfree (%) 20.75 Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 3 in 1hfu Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 1hfu. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Gly393, A: His396, A: Pro397, A: Cys452, A: Ile454, A: His457, A: Leu462, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O A:Gly393 4.83 Cu NE2 A:His396 4.14 Cu N A:His396 4.86 Cu CB A:His396 3.49 Cu ND1 A:His396 2.07 Cu CD2 A:His396 4.25 Cu C A:His396 4.84 Cu CE1 A:His396 2.99 Cu CG A:His396 3.17 Cu CA A:His396 3.85 Cu N A:Pro397 5.00 Cu CD A:Pro397 4.59 Cu CB A:Cys452 3.22 Cu SG A:Cys452 2.19 Cu CA A:Cys452 4.57 Cu N A:Ile454 4.83 Cu CB A:Ile454 3.86 Cu CD1 A:Ile454 3.82 Cu CG2 A:Ile454 4.64 Cu CG1 A:Ile454 4.14 Cu CA A:Ile454 4.91 Cu NE2 A:His457 4.07 Cu CB A:His457 3.40 Cu ND1 A:His457 2.03 Cu CD2 A:His457 4.18 Cu CE1 A:His457 2.93 Cu CG A:His457 3.06 Cu CA A:His457 4.92 Cu CD2 A:Leu462 3.51 Cu CG A:Leu462 4.86 interactive model: Copper binding site 2 out of 3 in 1hfu Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 1hfu. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: His111, A: His399, A: His401, A: Phe449, A: His451, A: Hoh2386, A: Hoh2423, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His64 4.69 Cu CD2 A:His64 4.55 Cu NE2 A:His111 2.01 Cu ND1 A:His111 4.01 Cu CD2 A:His111 3.14 Cu CE1 A:His111 2.81 Cu CG A:His111 4.19 Cu NE2 A:His399 4.75 Cu NE2 A:His399 2.50 Cu ND1 A:His399 4.63 Cu CD2 A:His399 3.94 Cu CD2 A:His399 3.32 Cu CE1 A:His399 3.57 Cu CG A:His399 4.97 Cu CG A:His399 4.53 Cu NE2 A:His401 2.04 Cu ND1 A:His401 3.99 Cu CD2 A:His401 3.21 Cu CE1 A:His401 2.76 Cu CG A:His401 4.21 Cu CB A:Phe449 4.35 Cu CD2 A:Phe449 4.16 Cu CG A:Phe449 4.63 Cu NE2 A:His451 1.99 Cu ND1 A:His451 4.05 Cu CD2 A:His451 3.06 Cu CE1 A:His451 2.89 Cu CG A:His451 4.16 Cu O A:Hoh2386 2.18 Cu O A:Hoh2423 4.16 interactive model: Copper binding site 3 out of 3 in 1hfu Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 1hfu. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: His66, A: Trp107, A: His109, A: His399, A: His453, A: Hoh2386, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu NE2 A:His64 4.23 Cu CD2 A:His64 3.66 Cu CG A:His64 4.85 Cu NE2 A:His66 4.01 Cu CB A:His66 3.41 Cu ND1 A:His66 1.96 Cu CD2 A:His66 4.12 Cu CE1 A:His66 2.85 Cu CG A:His66 3.04 Cu CA A:His66 4.63 Cu CD1 A:Trp107 4.96 Cu CD2 A:Trp107 4.70 Cu CZ3 A:Trp107 4.99 Cu CZ2 A:Trp107 3.36 Cu CE2 A:Trp107 3.74 Cu NE1 A:Trp107 3.94 Cu CH2 A:Trp107 4.11 Cu NE2 A:His109 2.01 Cu ND1 A:His109 4.09 Cu CD2 A:His109 2.96 Cu CE1 A:His109 3.00 Cu CG A:His109 4.11 Cu NE2 A:His399 4.39 Cu NE2 A:His399 4.27 Cu ND1 A:His399 4.44 Cu CD2 A:His399 4.26 Cu CD2 A:His399 4.87 Cu CE1 A:His399 4.00 Cu CG A:His399 4.94 Cu NE2 A:His453 2.13 Cu ND1 A:His453 4.19 Cu CD2 A:His453 3.19 Cu CE1 A:His453 3.02 Cu CG A:His453 4.30 Cu O A:Hoh2386 3.26 interactive model: