The binding sites of Copper atom in the structure of Type-2 Cu-Depleted Laccase From Coprinus Cinereus At 1.68 A Resolution (pdb code 1hfu). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 1hfu structure was solved by V.DUCROS, A.M.BRZOZOWSKI, G.J.DAVIES, with X-Ray Crystallography technique, brief refinement statistics is given in the table below:
Resolution (A) | 15.0-1.7 | Space group | P212121 | a (A) | 45.120 | b (A) | 84.560 | c (A) | 139.030 | alpha (°) | 90.00 | beta (°) | 90.00 | gamma (°) | 90.00 | Rfactor (%) | 18.4 | Rfree (%) | 20.75 |
|
Copper binding site 1 out of 3 in 1hfu
|  Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 1hfu. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Gly393, A: His396, A: Pro397, A: Cys452, A: Ile454, A: His457, A: Leu462, | conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | O A:Gly393 | 4.83 | Cu | NE2 A:His396 | 4.14 | Cu | N A:His396 | 4.86 | Cu | CB A:His396 | 3.49 | Cu | ND1 A:His396 | 2.07 | Cu | CD2 A:His396 | 4.25 | Cu | C A:His396 | 4.84 | Cu | CE1 A:His396 | 2.99 | Cu | CG A:His396 | 3.17 | Cu | CA A:His396 | 3.85 | Cu | N A:Pro397 | 5.00 | Cu | CD A:Pro397 | 4.59 | Cu | CB A:Cys452 | 3.22 | Cu | SG A:Cys452 | 2.19 | Cu | CA A:Cys452 | 4.57 | Cu | N A:Ile454 | 4.83 | Cu | CB A:Ile454 | 3.86 | Cu | CD1 A:Ile454 | 3.82 | Cu | CG2 A:Ile454 | 4.64 | Cu | CG1 A:Ile454 | 4.14 | Cu | CA A:Ile454 | 4.91 | Cu | NE2 A:His457 | 4.07 | Cu | CB A:His457 | 3.40 | Cu | ND1 A:His457 | 2.03 | Cu | CD2 A:His457 | 4.18 | Cu | CE1 A:His457 | 2.93 | Cu | CG A:His457 | 3.06 | Cu | CA A:His457 | 4.92 | Cu | CD2 A:Leu462 | 3.51 | Cu | CG A:Leu462 | 4.86 |
| interactive model:
| Copper binding site 2 out of 3 in 1hfu
|  Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 1hfu. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: His111, A: His399, A: His401, A: Phe449, A: His451, A: Hoh2386, A: Hoh2423, | conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | NE2 A:His64 | 4.69 | Cu | CD2 A:His64 | 4.55 | Cu | NE2 A:His111 | 2.01 | Cu | ND1 A:His111 | 4.01 | Cu | CD2 A:His111 | 3.14 | Cu | CE1 A:His111 | 2.81 | Cu | CG A:His111 | 4.19 | Cu | NE2 A:His399 | 4.75 | Cu | NE2 A:His399 | 2.50 | Cu | ND1 A:His399 | 4.63 | Cu | CD2 A:His399 | 3.94 | Cu | CD2 A:His399 | 3.32 | Cu | CE1 A:His399 | 3.57 | Cu | CG A:His399 | 4.97 | Cu | CG A:His399 | 4.53 | Cu | NE2 A:His401 | 2.04 | Cu | ND1 A:His401 | 3.99 | Cu | CD2 A:His401 | 3.21 | Cu | CE1 A:His401 | 2.76 | Cu | CG A:His401 | 4.21 | Cu | CB A:Phe449 | 4.35 | Cu | CD2 A:Phe449 | 4.16 | Cu | CG A:Phe449 | 4.63 | Cu | NE2 A:His451 | 1.99 | Cu | ND1 A:His451 | 4.05 | Cu | CD2 A:His451 | 3.06 | Cu | CE1 A:His451 | 2.89 | Cu | CG A:His451 | 4.16 | Cu | O A:Hoh2386 | 2.18 | Cu | O A:Hoh2423 | 4.16 |
| interactive model:
| Copper binding site 3 out of 3 in 1hfu
|  Click to enlarge |  Click to enlarge | Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 1hfu. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His64, A: His66, A: Trp107, A: His109, A: His399, A: His453, A: Hoh2386, | conact list:
Atom | Atom | Distance (A) | Cu | NE2 A:His64 | 4.23 | Cu | CD2 A:His64 | 3.66 | Cu | CG A:His64 | 4.85 | Cu | NE2 A:His66 | 4.01 | Cu | CB A:His66 | 3.41 | Cu | ND1 A:His66 | 1.96 | Cu | CD2 A:His66 | 4.12 | Cu | CE1 A:His66 | 2.85 | Cu | CG A:His66 | 3.04 | Cu | CA A:His66 | 4.63 | Cu | CD1 A:Trp107 | 4.96 | Cu | CD2 A:Trp107 | 4.70 | Cu | CZ3 A:Trp107 | 4.99 | Cu | CZ2 A:Trp107 | 3.36 | Cu | CE2 A:Trp107 | 3.74 | Cu | NE1 A:Trp107 | 3.94 | Cu | CH2 A:Trp107 | 4.11 | Cu | NE2 A:His109 | 2.01 | Cu | ND1 A:His109 | 4.09 | Cu | CD2 A:His109 | 2.96 | Cu | CE1 A:His109 | 3.00 | Cu | CG A:His109 | 4.11 | Cu | NE2 A:His399 | 4.39 | Cu | NE2 A:His399 | 4.27 | Cu | ND1 A:His399 | 4.44 | Cu | CD2 A:His399 | 4.26 | Cu | CD2 A:His399 | 4.87 | Cu | CE1 A:His399 | 4.00 | Cu | CG A:His399 | 4.94 | Cu | NE2 A:His453 | 2.13 | Cu | ND1 A:His453 | 4.19 | Cu | CD2 A:His453 | 3.19 | Cu | CE1 A:His453 | 3.02 | Cu | CG A:His453 | 4.30 | Cu | O A:Hoh2386 | 3.26 |
| interactive model:
|
|