Copper in the structure of Cu-Metallothionein From Saccharomyces Cerevisiae, uc(Nmr), Minimized Average Structure (pdb 1aqr)

The binding sites of Copper atom in the structure of Cu-Metallothionein From Saccharomyces Cerevisiae, uc(Nmr), Minimized Average Structure (pdb code 1aqr). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Copper atom. The 1aqr structure was solved by C.W.PETERSON, S.S.NARULA, I.M.ARMITAGE, with NMR in Solution technique. Copper Binding Sites: Copper binding site 1 out of 7 in 1aqr Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Copper in the PDB 1aqr. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His5, A: Glu6, A: Cys7, A: Gln8, A: Cys9, A: Cys14, A: Cys20, A: Gln21, A: Cys24, A: Cys26, A: Cys38, A: Cu142, A: Cu143, A: Cu144, A: Cu146, A: Cu147, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu HE1 A:His5 4.54 Cu C A:Glu6 4.76 Cu O A:Glu6 4.73 Cu O A:Cys7 4.17 Cu HB2 A:Cys7 1.78 Cu N A:Cys7 3.96 Cu CB A:Cys7 2.26 Cu HB3 A:Cys7 3.25 Cu HA A:Cys7 2.38 Cu SG A:Cys7 2.38 Cu H A:Cys7 4.39 Cu C A:Cys7 3.69 Cu CA A:Cys7 2.78 Cu N A:Gln8 4.39 Cu H A:Gln8 4.39 Cu HB2 A:Cys9 3.22 Cu N A:Cys9 4.17 Cu CB A:Cys9 3.39 Cu HB3 A:Cys9 4.04 Cu HA A:Cys9 4.94 Cu SG A:Cys9 2.26 Cu H A:Cys9 3.31 Cu CA A:Cys9 4.47 Cu HB3 A:Cys14 4.99 Cu SG A:Cys14 4.10 Cu O A:Cys20 4.72 Cu HA A:Gln21 4.60 Cu HE22 A:Gln21 4.88 Cu HB2 A:Cys24 2.65 Cu CB A:Cys24 2.90 Cu HB3 A:Cys24 3.03 Cu HA A:Cys24 4.89 Cu SG A:Cys24 2.48 Cu H A:Cys24 4.81 Cu CA A:Cys24 4.40 Cu HB2 A:Cys26 4.03 Cu CB A:Cys26 4.78 Cu SG A:Cys26 4.52 Cu SG A:Cys38 4.12 Cu CU A:Cu142 4.84 Cu CU A:Cu143 3.30 Cu CU A:Cu144 2.83 Cu CU A:Cu146 4.56 Cu CU A:Cu147 2.55 interactive model: Copper binding site 2 out of 7 in 1aqr Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Copper in the PDB 1aqr. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys9, A: Cys11, A: Ser13, A: Cys14, A: Cys30, A: Cys36, A: Cys38, A: Cu141, A: Cu144, A: Cu145, A: Cu146, A: Cu147, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu HB2 A:Cys9 3.74 Cu CB A:Cys9 3.33 Cu HB3 A:Cys9 2.45 Cu HA A:Cys9 4.56 Cu SG A:Cys9 3.68 Cu CA A:Cys9 4.52 Cu HB2 A:Cys11 2.71 Cu N A:Cys11 4.46 Cu CB A:Cys11 3.07 Cu HB3 A:Cys11 3.47 Cu SG A:Cys11 2.46 Cu H A:Cys11 3.77 Cu CA A:Cys11 4.43 Cu H A:Ser13 4.82 Cu HB2 A:Cys14 3.11 Cu N A:Cys14 4.51 Cu CB A:Cys14 3.30 Cu HB3 A:Cys14 3.88 Cu HA A:Cys14 4.71 Cu SG A:Cys14 2.25 Cu H A:Cys14 4.39 Cu CA A:Cys14 4.47 Cu SG A:Cys30 3.95 Cu HB2 A:Cys36 3.42 Cu CB A:Cys36 3.48 Cu HB3 A:Cys36 3.95 Cu HA A:Cys36 4.72 Cu SG A:Cys36 2.25 Cu CA A:Cys36 4.71 Cu HB2 A:Cys38 3.77 Cu CB A:Cys38 4.61 Cu HB3 A:Cys38 4.83 Cu SG A:Cys38 4.82 Cu CU A:Cu141 4.84 Cu CU A:Cu144 4.98 Cu CU A:Cu145 2.58 Cu CU A:Cu146 3.30 Cu CU A:Cu147 3.30 interactive model: Copper binding site 3 out of 7 in 1aqr Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Copper in the PDB 1aqr. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys7, A: Cys9, A: Cys14, A: Asn17, A: Glu18, A: Cys20, A: Gln21, A: Cys24, A: Cys38, A: Gly39, A: Cu141, A: Cu144, A: Cu147, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu O A:Cys7 5.00 Cu HB2 A:Cys7 3.15 Cu CB A:Cys7 3.27 Cu HB3 A:Cys7 3.45 Cu SG A:Cys7 2.45 Cu CA A:Cys7 4.72 Cu HB2 A:Cys9 3.97 Cu CB A:Cys9 4.80 Cu SG A:Cys9 4.84 Cu CB A:Cys14 4.57 Cu HB3 A:Cys14 4.50 Cu HA A:Cys14 3.84 Cu SG A:Cys14 3.67 Cu CA A:Cys14 4.65 Cu O A:Asn17 4.53 Cu HA A:Glu18 4.96 Cu O A:Cys20 2.91 Cu HB2 A:Cys20 3.26 Cu N A:Cys20 4.59 Cu CB A:Cys20 3.33 Cu HB3 A:Cys20 4.25 Cu HA A:Cys20 4.79 Cu SG A:Cys20 2.25 Cu H A:Cys20 4.28 Cu C A:Cys20 3.28 Cu CA A:Cys20 3.90 Cu N A:Gln21 3.86 Cu CD A:Gln21 4.30 Cu CG A:Gln21 4.64 Cu CA A:Gln21 4.14 Cu HG2 A:Gln21 4.05 Cu NE2 A:Gln21 3.69 Cu HA A:Gln21 3.41 Cu HE22 A:Gln21 3.91 Cu H A:Gln21 4.49 Cu HE21 A:Gln21 3.38 Cu HB2 A:Cys24 2.58 Cu N A:Cys24 4.86 Cu CB A:Cys24 3.28 Cu HB3 A:Cys24 3.04 Cu HA A:Cys24 4.15 Cu SG A:Cys24 4.52 Cu H A:Cys24 4.81 Cu CA A:Cys24 4.32 Cu CB A:Cys38 4.88 Cu SG A:Cys38 3.24 Cu H A:Gly39 4.93 Cu CU A:Cu141 3.30 Cu CU A:Cu144 3.97 Cu CU A:Cu147 2.61 interactive model: Copper binding site 4 out of 7 in 1aqr Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Copper in the PDB 1aqr. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: His5, A: Cys7, A: Cys9, A: Cys14, A: Cys24, A: Ser25, A: Cys26, A: Cys36, A: Cys38, A: Gly39, A: Cu141, A: Cu142, A: Cu143, A: Cu146, A: Cu147, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu HE1 A:His5 4.09 Cu HB2 A:Cys7 3.64 Cu CB A:Cys7 4.55 Cu HA A:Cys7 4.89 Cu SG A:Cys7 4.69 Cu SG A:Cys9 4.20 Cu SG A:Cys14 4.67 Cu O A:Cys24 3.91 Cu HB2 A:Cys24 1.92 Cu N A:Cys24 4.51 Cu CB A:Cys24 2.44 Cu HB3 A:Cys24 3.40 Cu HA A:Cys24 3.34 Cu SG A:Cys24 2.45 Cu H A:Cys24 4.77 Cu C A:Cys24 3.33 Cu CA A:Cys24 3.17 Cu O A:Ser25 4.96 Cu N A:Ser25 3.61 Cu H A:Ser25 3.64 Cu C A:Ser25 4.26 Cu CA A:Ser25 4.56 Cu HB2 A:Cys26 3.11 Cu N A:Cys26 3.77 Cu CB A:Cys26 3.31 Cu HB3 A:Cys26 4.07 Cu HA A:Cys26 4.80 Cu SG A:Cys26 2.24 Cu H A:Cys26 3.54 Cu CA A:Cys26 4.24 Cu SG A:Cys36 4.69 Cu HB2 A:Cys38 3.31 Cu N A:Cys38 4.54 Cu CB A:Cys38 3.32 Cu HB3 A:Cys38 4.29 Cu HA A:Cys38 3.14 Cu SG A:Cys38 2.31 Cu H A:Cys38 4.88 Cu C A:Cys38 4.96 Cu CA A:Cys38 3.74 Cu H A:Gly39 4.39 Cu CU A:Cu141 2.83 Cu CU A:Cu142 4.98 Cu CU A:Cu143 3.97 Cu CU A:Cu146 3.31 Cu CU A:Cu147 2.50 interactive model: Copper binding site 5 out of 7 in 1aqr Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 5 of Copper in the PDB 1aqr. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys9, A: Gln10, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys26, A: Cys30, A: Asn31, A: Ser32, A: Cys36, A: Cu142, A: Cu146, A: Cu147, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu HB2 A:Cys9 4.54 Cu CB A:Cys9 3.61 Cu HB3 A:Cys9 3.03 Cu HA A:Cys9 3.68 Cu SG A:Cys9 3.30 Cu CA A:Cys9 4.22 Cu H A:Gln10 4.53 Cu HB2 A:Cys11 4.40 Cu N A:Cys11 4.97 Cu CB A:Cys11 4.15 Cu HB3 A:Cys11 4.58 Cu SG A:Cys11 2.45 Cu H A:Cys11 4.21 Cu HB2 A:Cys14 4.93 Cu SG A:Cys14 4.42 Cu HB3 A:Cys26 4.98 Cu O A:Cys30 2.95 Cu HB2 A:Cys30 4.23 Cu CB A:Cys30 3.33 Cu HB3 A:Cys30 3.24 Cu HA A:Cys30 4.14 Cu SG A:Cys30 2.25 Cu C A:Cys30 3.70 Cu CA A:Cys30 3.95 Cu N A:Asn31 4.79 Cu HA A:Asn31 4.95 Cu O A:Ser32 4.19 Cu HB2 A:Cys36 3.36 Cu CB A:Cys36 3.95 Cu HB3 A:Cys36 4.81 Cu HA A:Cys36 4.28 Cu SG A:Cys36 3.48 Cu CA A:Cys36 4.73 Cu CU A:Cu142 2.58 Cu CU A:Cu146 3.30 Cu CU A:Cu147 4.81 interactive model: Copper binding site 6 out of 7 in 1aqr Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 6 of Copper in the PDB 1aqr. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys9, A: Cys14, A: Cys26, A: Pro27, A: Cys30, A: Cys36, A: Pro37, A: Cys38, A: Cu141, A: Cu142, A: Cu144, A: Cu145, A: Cu147, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu HB3 A:Cys9 4.79 Cu SG A:Cys9 4.12 Cu SG A:Cys14 4.58 Cu HB2 A:Cys26 3.54 Cu CB A:Cys26 3.13 Cu HB3 A:Cys26 2.95 Cu HA A:Cys26 4.55 Cu SG A:Cys26 2.26 Cu CA A:Cys26 4.46 Cu HD2 A:Pro27 4.88 Cu HB2 A:Cys30 3.92 Cu CB A:Cys30 3.79 Cu HB3 A:Cys30 4.18 Cu HA A:Cys30 4.85 Cu SG A:Cys30 2.29 Cu CA A:Cys30 4.95 Cu O A:Cys36 4.43 Cu HB2 A:Cys36 3.67 Cu N A:Cys36 4.79 Cu CB A:Cys36 3.34 Cu HB3 A:Cys36 4.26 Cu HA A:Cys36 2.83 Cu SG A:Cys36 2.25 Cu C A:Cys36 3.77 Cu CA A:Cys36 3.39 Cu N A:Pro37 3.93 Cu CD A:Pro37 3.92 Cu C A:Pro37 4.55 Cu CA A:Pro37 4.90 Cu HD2 A:Pro37 3.06 Cu HG2 A:Pro37 4.90 Cu HD3 A:Pro37 4.46 Cu HB2 A:Cys38 2.86 Cu N A:Cys38 3.98 Cu CB A:Cys38 3.78 Cu HB3 A:Cys38 4.60 Cu HA A:Cys38 4.25 Cu SG A:Cys38 4.21 Cu H A:Cys38 3.76 Cu CA A:Cys38 4.30 Cu CU A:Cu141 4.56 Cu CU A:Cu142 3.30 Cu CU A:Cu144 3.31 Cu CU A:Cu145 3.30 Cu CU A:Cu147 3.66 interactive model: Copper binding site 7 out of 7 in 1aqr Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 7 of Copper in the PDB 1aqr. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Copper atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys7, A: Cys9, A: Cys14, A: Cys20, A: Cys24, A: Cys26, A: Cys36, A: Cys38, A: Gly39, A: Cu141, A: Cu142, A: Cu143, A: Cu144, A: Cu145, A: Cu146, conact list: Atom Atom Distance (A) Cu HB2 A:Cys7 3.72 Cu CB A:Cys7 4.16 Cu HB3 A:Cys7 4.89 Cu HA A:Cys7 4.89 Cu SG A:Cys7 3.31 Cu HB2 A:Cys9 3.31 Cu CB A:Cys9 3.61 Cu HB3 A:Cys9 3.63 Cu SG A:Cys9 3.28 Cu H A:Cys9 4.88 Cu HB2 A:Cys14 4.60 Cu CB A:Cys14 3.90 Cu HB3 A:Cys14 4.14 Cu HA A:Cys14 4.14 Cu SG A:Cys14 2.24 Cu CA A:Cys14 4.60 Cu HB2 A:Cys20 4.96 Cu SG A:Cys20 4.30 Cu HB2 A:Cys24 2.67 Cu CB A:Cys24 3.62 Cu HB3 A:Cys24 4.04 Cu HA A:Cys24 4.68 Cu SG A:Cys24 4.05 Cu CA A:Cys24 4.75 Cu HB2 A:Cys26 4.96 Cu SG A:Cys26 4.08 Cu SG A:Cys36 3.96 Cu HB2 A:Cys38 3.14 Cu CB A:Cys38 3.31 Cu HB3 A:Cys38 3.81 Cu HA A:Cys38 4.52 Cu SG A:Cys38 2.25 Cu CA A:Cys38 4.56 Cu H A:Gly39 4.69 Cu CU A:Cu141 2.55 Cu CU A:Cu142 3.30 Cu CU A:Cu143 2.61 Cu CU A:Cu144 2.50 Cu CU A:Cu145 4.81 Cu CU A:Cu146 3.66 interactive model: